Cổng vào ra là một trong số các phương tiện để vi điều khiển giao tiếp với các thiết bị ngoại vi. ATmega128 có cả 7 cổng (port) vào ra 8 bit là: PortA, PortB, PortC, PortD, PortE, PortF, PortG, tương ứng với 56 đường vào ra. Các cổng vào ra của AVR là cổng vào ra hai chiều có thể định hướng, tức có thể chọn hướng của cổng là hướng vào (input) hay hướng ra (output). Tất các các cổng vào ra của AVR điều có tính năng Đọc – Chỉnh sửa – Ghi (Read – Modify – write) khi sử dụng chúng như là các cổng vào ra số thông thường. Điều này có nghĩa là khi ta thay đổi hướng của một chân nào đó thì nó không làm ảnh hưởng tới hướng của các chân khác. Tất cả các chân của các cổng (port)đều có điện trở kéo lên (pull - up) riêng, ta có thể cho phép hay không cho phép điện trở kéo lên này hoạt động.
Điện trở kéo lên là một điện trở được dùng khi thiết kế các mạch điện tử logic. Nó có một đầu được nối với nguồn điện áp dương (thường là Vcc hoặc Vdd) và đầu còn lại được nối với tín hiệu lối vào/ra của một mạch logic chức năng. Điện trở kéo lên có thể được lắp đặt tại các lối vào của các khối mạch logic để thiết lập mức logic lối vào của khối mạch khi không có thiết bị ngoài nối với lối vào. Điện trở kéo lên cũng có thể được lắp đặt tại các giao diện giữa hai khối mạch logic không cùng loại logic, đặc biệt là khi hai khối mạch này được cấp nguồn khác nhau. Ngoài ra, điện trở kéo lên còn được lắp đặt tại lối ra của khối mạch khi lối ra không thể nối nguồn để tạo dòng, ví dụ các linh kiện logic TTL có cực góp hở. Đối với họ logic lưỡng cực với nguồn nuôi 5 Vdc thì giá trị của điện trở kéo lên thường nằm trong khoảng 1000 đến 5000 Ohm, tùy theo yêu cầu cấp dòng trên toàn giải hoạt động của mạch. Với
lôgíc CMOS chúng ta có thể sử dụng các điện trở có giá trị lớn hơn nhiều, thường từ vài ngàn đến một triệu Ohm do dòng rò rỉ cần thiết ở lối vào là rất nhỏ. Trong việc thiết kế các vi mạch ứng dụng, nếu một IC có ngõ ra loại cực thu để hở giao tiếp với nhiều IC khác thì giá trị của điện trở kéo lên sẽ tương đối nhỏ (khoảng vài trăm Ohm). Bởi vì lúc này hệ số fanout lớn dẫn đến dòng ngõ ra của IC phải lớn để đủ cung cấp cho các ngõ vào của các IC khác, nếu không vi mạch sẽ hoạt động chập chờn hoặc có thể không hoạt động.