Mặc dù hoàn thiện hơn rất nhiều so với các phơng thức khác, nhng không có nghĩa là phơng thức này không có những hạn chế - lẽ đơng hiên là nó không thể khống chế đợc mọi rủi ro. Bởi vì thực ra, trong mọi lĩnh vực đều có kẻ lừa đảo, nhng lĩnh vực thơng mại quốc tế là mảnh đất màu mỡ cho những con sâu bọ đó. Bản điều lệ 500 chỉ là các qui ớc mang tính chất quốc tế mà mỗi ai vào cuộc đều ràng buộc. Nó sẽ là con dao hai lỡi đối với những ngời không biết cách chơi.
Các chủ thể tham gia phơng thức này vẫn có thể gặp rủi ro: ngân hàng phát hành có thể gặp rủi ro tín dụng, rủi ro trong vận tải, rủi ro đối với thời hạn tín dụng, rủi ro hoạt động; Ngời bán có thể gặp rủi ro không nhận đợc tiền hàng mặc dù hàng đã chuyển đi - cha chuyển quyền sở hữu nhng việc bán số hàng đó sẽ gặp khó khăn; Ngời mua có thể gặp rủi ro nếu ngời bán lừa lập bộ chứng từ
hàng hoá giả tạo...; Ngân hàng xác nhận có thể gặp rủi ro nếu ngân hàng thanh toán mất khả năng thanh toán.
Mặt khác, ngân hàng chỉ căn cứ vào chứng từ, nhng chứng từ thì có thể làm giả? Mà chứng từ "bẩn" thì luôn luôn đợc "làm sạch"? Đây chính là mặt trái của vấn đề. Tín dụng chứng từ hoàn hảo không tạo ra một khả năng bảo vệ quyền lợi của ngời mua khi ngời bán là kẻ lừa đảo
Hơn nữa nghiệp vụ thanh toán tín dụng chứng từ khá phức tạp, có nhiều thành viên tham gia, chi phí nghiệp vụ cao, và ngoài ra nó còn rất phức tạp trong trờng hợp giải quyết các tranh chấp, ngời mua có thể đọng vốn nế thiết lập bộ chứng từ hàng hoá không hoàn hảo. Thời gian của chu trình thanh toán là tơng đối dài. Mặt khác bản thân phơng thức thanh toán tín dụng chứng từ mới chỉ giải quyết đợc vấn đề cơ bản là ngân hàng đứng ra đảm bảo trả tiền chứ không phải thơng nhân nhập khẩu. Còn thời gian thu về nhanh hay chậm phụ thuộc vào cách trả tiền và phải qui định cụ thể giữa bên mua và bên bán trong hợp đồng mua bán. Bên mua khi mở L/C cho bên bán sẽ căn cứ vào đso mà ghi cụ thể trong L/ C (trả tiền khi hối phiếu và chứng từ của ngời xuất khẩu gửi đến ngân hàng mở L/C hoặc một ngân hàng nào đó mà nó chỉ định trả tiền thay nó, hoặc trả tiền bằng điện, hoặc trả một phần tiền sau đó trả nốt sau). Yêu cầu trình độ nghiệp vụ của cán bộ buộc phải cao (về chuyên môn, về ngoại ngữ, về việc hiểu biết và nắm bắt các luật hối phiếu, vận tải, xuất nhập khẩu...)