Trong hoạt động Ngân hàng, vốn tự có được coi là “tấm đệm” để phòng chống rủi ro. Hơn nữa hiện nay, ở NHNT quỹ dự phòng rủi ro được thiết lập trên cơ sở kết quả tài kinh doanh của năm tài chính cho phép, do vậy NHNT hoạt động càng hiệu quả thì nguồn tài chính trích dự phòng ngày càng nhiều. Muốn vậy, NHNT cần phải bỏ vốn nhiều hơn nữa vào các hoạt động có mức sinh lời cao như tín dụng, góp vốn liên doanh, mua cổ phần, kinh doanh ngoại tệ, đầu tư ra nước ngoài, tận thu các khoản cho vay chưa thu được. Để làm được điều này thì trước tiên NHNT cần phải có nguồn lực tài chính mạnh, thể hiện trước tiên là ở nguồn vốn tự có.
NHNT trải qua nhiều lần tăng vốn tự có, hiện nay có vốn tự có là 9014 tỷ đồng, một con số khá cao trong hệ thống Ngân hàng giai đoạn hiện nay. NHNT cũng là Ngân hàng đầu tiền đạt tỷ lệ an toàn vốn là 8,5%, đạt tiêu chuẩn theo quy định 457/2005/QĐ-NHNN. Tuy nhiên với tỷ lệ nợ quá hạn và nợ xấu vẫn còn ở mức cao như hiện nay, đặc biệt nếu được đánh giá theo tiêu chuẩn quốc tế thì những tỷ lệ này còn cao hơn con số hiện nay, trong khi thời gian tới các NHTM VN nói chung và NHNT nói riêng sẽ vấp phải sự cạnh tranh từ những Ngân hàng nước ngoài với tiềm lực vốn vô cùng lớn, do đó NHNT vẫn phải tiếp tục tăng vốn tự có để nâng cao khả năng cạnh tranh, đồng thời nâng cao khả năng chống chịu với rủi ro.
Về nguyên tắc, vốn tự có phải được bổ sung dần dần từ lợi nhuận song nếu theo cách đó thì sẽ phải mất rất nhiều thời gian thì NHNT mới có thể tăng được lượng vốn đáng kể. Theo kế hoạch gần đây nhất của NHNN và NHNT thì sẽ tiến hành cổ phần hoá NHNT, đây có thể coi là một phương pháp tối ưu nhằm tăng cường vốn tự có của NHNT trong thời gian tới.