1. Vào thời điểm giao thời của sự thay đổi luật thuế:
Sự vận động của nền kinh tế thị trường tất yếu đòi hỏi sự cận động của hệ thống chính sách thuế đẻe đảm bảo sự phù hợp của hệ thống thuế và lấp đi những kẽ hở để đối tượng nộp thuế lợi dụng, tuy nhiên chính thời điểm thay đổi của một chính sách thuế đôi khi tạo ra những kẽ hở mới cho cacs đối tượng nộp thuế lách qua.
Vào thời điểm gần đây, khi luật thuế GTGT ra đời với thuế suất đầu ra tương đối cao thay vì cho hàng loạt các hoạt động có thuế suất thấp (1% đến 2%..) tại thời điểm 1/1/1999. Chính vì lý do này, hàng loạt các công trình xây dựng cơ bản, các công ty sản xuất kinh doanh ... đều cố gáng bằng cách này hay cách khác tăng khối lượng công trình hoàn thành bàn giao, tăng cường xác nhận các hợp đồng mua bán hoặc xuất hoá đơn bán hàng để có thể tránh được thuế GTGT với một mưcs thuế xuất đầu ra cao hơn rất nhiều. Những biểu hiện đó, ngoài việc làm ảnha hưởng lớn đến số thu của Nhà nước, còn làm giảm tính pháp lý, tínhcông bằng của hệ thống thuế. Sự thay đổi của hệ thống luật thuế là tất yếu đối với một nước có nền kinh tê đang phát triển và thường xuyên biến động. Tuy nhiên trên cơ sở biểu hiện này để có thể nghiên cứu, xây dựng một hệ thống chính sách sao cho những tác động xấu của chúng là nhỏ nhất đối với nền kinh tế.
Đồng thời với việc ban hành một sự thay đổi của luật thuế, Bộ tài chính, Tổng cục thuế phải nghiên cứu cà đưa ra các phương án cụ thể để hạn chế tối đa việc lợi dụng sự thay đôỉ này. Ví dụ tại thời điểm 1/1/1999, khi luật thuế GTGT bắt đầu có hiệu lực, Bộ tài chính có thể qui định tất cả các doanh nghiệp tổng kiểm tra kê kho vật liệu, kho thành phẩm có sự giám sát của cơ quan tài chính, tổng kiểm kê toàn bộ hoá
đơn chứng từ do Bộ tài chính ban hành tại thời điểm 1/1/1999, tất cả các việc đó phải tiến hành đồng bộ, hàng loạt và tức thời. Khi đó sẽ hạn chế được một phần lớn thất tháo trong quá trình này.
2. Thuế suất thuế GTGT khá cao.
Theo nhận định của nhiều chuyên gia kinh tế, thuế suất thuế GTGT 10% tính cho các mặt hàng thông thường cho tiêu dùng là khá cao, làm giảm sức mua, tiêu thụ sản phẩm hàng hoá gặp nhiều khó khăn. Một minh chứng cho thấy thuế suất thuế GTGT cao, đó là có trên 100 mặt hàng có thuế suất thuế GTGT cao hơn thuế suất thuế doanh thu và Nhà nước đã nhiều lần phải điều chỉnh giảm thuế.
Mặc dù theo lý luận thuế GTGT do người tiêu dùng trả, không gây ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp, nhưng nếu thuế suất cao, giá thanh toán của hàng hoá, dịch vụ sẽ cao, người tiêu dùng khó chấp nhận, tiêu thụ sẽ gặp khó khăn, các doanh nghiệp muốn bán được hàng buộc phải hạ giá bán và bị thua lỗ. Để tránh bị thua lỗ, các doanh nghiệp phải thu hẹp sản xuất.
3. Thuế GTGT làm đảo lộn mức thuế phải nộp.
Thuế GTGT được thiết kế với mức thu tương đương thuế doanh thu với mụ tiêu ổn định quan hệ phân phôí giữa Nhà nước với nền kinh tế xét trên tổng thể, nhưng thực tế có làm đảo lộn mức thuế phải nộp của các ngành khác nhau. Có ngành thuế phải nộp tăng gấp bội so với thuế doanh thu, có ngành lại thấp hơn nhiều. Tương quan phân phối giữa các ngành bị đảo lộn vướng mắc phát sinh không chỉ liên quan đến lỗ lãi mà còn liên quan đến vấn đề mới.
4. Thuế GTGT gây nhiều khó khăn cho doanh nghiệp về vốn.
Qui định phải nộp thuế GTGT đối với những mặt hàng nhập kho nhưng chưa bán làm cho một số doanh nghiệp khó khăn trong vấn đề vốn. Đặc biệt với những doanh nghiệp với số vốn ít thì qui định này làm cho họ thật sự điêu đứng. Nhiều doanh nghiệp hoạt động chủ yếu bằng vốn vay này khi áp dụng luật thuế GTGT phải vay thêm vốn để nộp cho phần thuế đầu vào, gánh nặng thiếu vốn đã nặng nay lại càng nặng thêm cho du sau này se được khấu trừ thuế hay hoàn thuế. Trường hợp các doanh
nghiệp bán hàng đại lý khi chuyển hàng cho đai lý phải nộp ngay thuế GTGT, trong khi đó phải chỉ khi nào đại lý bán được hàng mới thu được thuế GTGT từ người mua. Như vậy vốn của doanh nghiệp bị chiếm dụng một cách bất hợp lý.
5. Tốc độ hoàn thuế cho doanh nghiệp còn chậm.
Quá trình thủ tục xin hoàn thuế khá rắc rối, mất nhiều thời gian và công sức của ác doanh nghiệp. Để được hoàn thuế, các doanh nghiệp phải nộp hồ sơ và toàn bộ hoá đơn, chứng từ lên cơ quan thuế rồi chờ nhân viên thuế xuống đơn vị kiểm tra, đối chiếu hoá đơn thực hiện băng phương pháp thủ công, kéo dài thời gian kiểm tra làm chậm việc hoàn thuế, bên cạnh đó còn nhiều hiện tượng tiêu cực khác cũng gây thêm khó khăn cho doanh nghiệp.
6. Tình trạng gian lận thuế ngày càng trở nên nguy hiểm hơn.
Hiện nay hoá đơn bất hợp pháp đa dạng và phong phú chưa từng có và trở thành hàng hoá được mua bán công khai. Vấn đề này đã làm đau đầu cơ quan thuế hơn bao giờ hết. Trước đây khi thực hiện thuế doanh thu sử dụng hoá đơn giả, chỉ có thể ăn gian thuế trên số hàng bán ra, còn bây giờ, với hoá đơn giả, Nhà nước không những không thu được đồng nào mà ngược lại còn phải chi thêm để hoàn thuế.
Bên cạnh đó, việc sử dụng hoá đơn bất hợp pháp tạo ra sự cạnh tranh không lành mạnh giưa các doanh nghiệp. Doanh nghiệp nào không trốn thuế được sẽ mất dần sức cạnh tranh, những cơ sở trốn thuế sẽ có điều kiện hạ giá thành sản phẩm để cạnh tranh. Hậu quả là những doanh nghiệp làm ăn chân chính bị thua thiệt, sân chơi giữa các doanh nghiệp trở nên bất bình đẳng. Nếu tình trạng này không được ngăn chặn và xử lý kịp thời sẽ làm cho nguồn Ngân sách bị thâm hụt một khoản rất lớn và tác động tiêu cực đến nền kinh tế nước ta, làm giảm hiệu lực của luật thuế.
7. Về việc khấu trừ thuế GTGT và xét giảm thuế GTGT.
Cách tính thuế đầu vào được khấu trừ trong trường hợp kinh doanh hàng hoá chịu thuế GTGT còn nhiều phức tạp. Những qui định về khấu trừ khống và xét giảm thuế GTGT còn thiếu chặt chẽ, rườm rà, mang tính chắp vá.
Thực tế nền kinh tế nước ta có khoảng 4 vạn doanh nghiệp có khá nhiều tổ chức hạch toán và gần 1,6 triệu hộ chủ yếu lá sản xuất kinh doanh nhỏ. Cho nên khi thực hiện thuế GTGT đã đáp ứng hai phương pháp tính thuế cà hai loại hoá đơn, áp dụng phương pháp khấu trừ và hoá đơn GTGT đối với các doanh nghiệp đủ điều kiện hạch toán kế toán và áp dụng phương pháp trực tiếp thêm GTGT cà sử dụng hoá đơn thông thường đối với các hộ kinh doanh nhỏ. Việc áp dụng đồng thời hai cách tính thuế GTGT và hai loại hoá đơn trong điều kiện nền kinh tế nước ta hiện nay là cần thiết, song trên thực tế lại nảy sinh những bất cập gây trở ngại cho các doanh nghiệp và các hộ kinh doanh. Các doanh nghiệp thực hiện theo phương pháp khấu trừ thuế không được khấu trừ đầu vào khi mua hàng hoá, dịch vụ của các đơn vị tính thuế theo phương pháp trực tiếp, gây mất công bằng trong các thành phần kinh tế, hoặc nảy ra tình trạng chống thuế. Ngoài ra, những bất cập trong kế toán thuế GTGT, trong chế độ hoá đơn, chứng từ đối với hàng hoá lưu thông trên thị trường... cũng gây nhiều khó khăn cho công tác thu của ngành thuế và cho các hộ kinh doanh nhỏ.
9. Xử lý thuế GTGT đối với hàng nhập khẩu.
Trong hơn 6 tháng đầu năm, thuế suất hàng nhập khẩu, nhất là đối với nguyên, nhiên, vật liệu quá cao. Việc áp mã thuế thiếu chính xác, thời gian nộp thuế quá ngắn. Vấn đề hoàn thuế còn chậm và phức tạp trong kiểm tra hoá đơn. Do vậy nhiều doanh nghiệp phải chịu thêm lãi suất ngân hàng từ số tiền vay nộp thuế trước nhưng chậm được trả lại. Song mặt khác, chính nhiều doanh nghiệp cũng chưa nghiêm túc kê khai và hoàn thành các thủ tục cần thiết, dẫn đến tình trạng châm trễ trong việc hoàn thuế.
10. Vướng mắc về thủ tục.
Trong Nghị quyết 90/1999_UBTVQH khoá IX qui định vật tư xây dựng loại trong nước chưa sản xuất được nhập khẩu để chế tạo tài sản cố định của doanh nghiệp không phải chịu thuế GTGT. Hoặc điều 4 luật thuế GTGT qui định không thu thuế GTGT đối với dây truyền thiết bị toàn bộ, đồng bộ. Đến nay vẫn chưa có hướng dẫn để thực hiện. Thí dụ: Phụ tùng, phụ kiện đi kèm, vật tư xây dựng cấu thành nên thiết bị có được hưởng tiêu chuẩn không thu thuế GTGT như máy móc, thiết bị, phương tiện
vận tải hay không thì đến nay vẫn chưa làm rõ.
11. Chưa nhất quán trong thực hiện nguyên tắc.
Do phải xử lý những bất cập, chưa phù hợp với thực tê, để đảm bảo cho sản xuất kinh doanh bình thường, Chính phủ, Bộ tài chính đã phải giảm 50% thuế GTGT cho một số mặt hàng, mở rộng thêm một số đối tượng không chịu thuế GTGT... Tất cả những xử lý theo hướng "vướng đâu gỡ đấy" đã làm cho biểu thuế suất biến dạng di so với thiết kế ban đàu. Từ 3 mức thuế suất đến nay không còn là 3 mà đã trở thanh 4 đến 5 mức thuế suất. Trên thực tế gây nên sự bất hợp lý mới cho sự cạnh tranh bình đẳng của doanh nghiệp.
Tạo ra hai sân chơi khác nhau trong nền kinh tế. Hiện nay thuế GTGT được tính theo hai phương pháp là phương pháp trực tiếp và phương pháp khấu trừ.
Khi các đơn vị thực hiện theo phương pháp khấu trừ cung ứng hàng hoá, dịch vụ cho các đơn vị thực hiện theo phương pháp trực tiếp thi những đơn vị này không được khấu trừ, trong khi trong giá trị hàng hoá đã có phần thuế GTGT nên đã làm cho thuế đánh chồng chéo lên thuế. Ngược lại, khi các đơn vị thực hiện theo phương pháp trực tiếp có quan hệ giao dịch cung ứng dịch vụ, hàng hoá cho các đơn vị thực hiện thuế theo phương pháp khấu trừ thuế GTGT, thực chất đơn vị nhận phải trả phần thuế GTGT chìm trong giá bán mà đơn vị trực tiếp đã nộp. Từ cách thực hiện như trên ta thấy hiện đang tồn tại hai sân chơi khác nhau mà mỗi sân chơi chỉ chơi theo một hình, chính vì vậy đang hình thành hai xu hướng là một số đơn vị đang nộp thuế theo phương pháp khấu trừ chuyển sang nộp theo phương pháp trực tiếp và ngược lại, tuỳ thuộc vào chiến lược khách hàng của họ và dĩ nhiên là ngành thuế khó lòng giải quyết ngay đưọc. Hơn nữa, trong thực tế thu thuế tính thưo phương pháp trực tiếp rất khó chính xác, nên vẫn chủ yếu tính theo phương pháp khoán (đối với hộ nhỏ) như thuế doanh thu trước đay, chính điều này đã gây không ít lúng túng, khó khăn cho thưong nghiệp quốc doanh một khi họ phải cạnh tranh trực tiếp với các hộ buon ban tính thuế theo phương pháp trực tiếp.
Tuy đại bộ phận doanh nghiệp đã chấp hoá đơnàh tốt chế độ hoá đơn, in và sử dụng hoá đơn giả, mua đi bán lại hoá đơn, viết không đúng doanh số trên hoá đơn để trốn thuế và chiếm đoạt tiền của Nhà nước trong khâu thoái thuế.