a. Mặt hạn chế lớn nhất của ngâng hàng ngoại thơng hiện nay là tình trạng nợ khê đọng lớn, nợ quá hạn vợt mức cho phép, chất lợng tín dụng thấp gây đọng vốn lớn trong nền kinh tế. Một bộ phận nợ đã đợc chính phủ cho khoanh,cho xoá, song thiếu nguồn vốn để tất toán, trrong khi ngân sách nhà nớc còn nợ lại ngân hàng, chất lợng tín dụng đang là vấn đề đáng quan tâm mà nguyên nhân phải đợc nhìn nhận từ hai phía: ngời cho vay- ngân hàng, ngời đi vay - doanh nghiệp.
b.Tài sản thế chấp , tai sản xiết nợ, tài sản liên quan đến các vụ án do NHNT quản lý chiếm khối lợng rất lớn. Khả năng phát mại, khai thác các tài sản này để thu hồi vốn rất hạn chế và gặp nhiều khó khăn: các tài sản thế chấp, xiết nợ chủ yếu là quyền sử dụng đất và bất động sản cha hoàn thành thủ tục pháp lý, cha có khả năng khai thác hoặc khai thác gặp nhiều khó khăn. một số tài sản bị giảm gía nhiều so với giá trị thoả thuận thế chấp ban đầu. Mặc dù ngân hàng đã thành lập bộ phận chuyên trách quản lý và khai thác tài sản xiết nợ ,song khó khăn trong thủ tục pháp lý cộng với tác động của khủng hoảng kinh tế khu vực nên kết quả khai thác tài sản còn thấp. đây đang còn là gánh nặng lớn cho ngân hàng. c.Các hoạt động liên doanh liên kết cha đem lại hiệu quả hoặc hiệu quả thấp, vốn bị động và rủi ro cao.
Thực hiện việc đa dạng hoá các loại hình kinh doanh, NHNT đã tiến hành các hoạt động liên doanh , liên kết liên doanh dới nhiều hình thức và mua cổ phần taị các công ty. Song do các dự án cha đợc thẩm định tốt , cha sát thực tế.vì vậy sau khi bỏ vốn ra, việc quản lý không đợc diễn ra thờng xuyên dẫn đến hiệu quả thấp và rủi ro cao.