Thứ nhất, nguyên nhân từ công tác quản lý nhà nước và hệ thống chính sách bảo đảm
Việc quán triệt các quan điểm chủ trương của Đảng và nhà nước về cổ phần hoá, một số doanh nghiệp TMNN ở các cấp, ở cả địa phương chưa đầy đủ, chưa sâu rộng do một số lãnh đạo chính quyền cơ sở lo ngại CPH làm mất chủ quyền của nhà nước, làm mất vai trò kinh tế của quốc doanh; từ đó do dự chần chừ chưa muốn CPH ngay mà còn chờ đợi, nghe ngóng; một số cán bộ lãnh đạo của doanh nghiệp chưa thấy được sự cần thiết của CPH, đa số lo ngại mất quyền lợi, địa vị; một số khác còn mang tư tưởng bao cấp; người lao động lo lắng việc làm sợ giảm thu nhập. Hơn nữa trong cơ chế hiện tại số người đang hưởng lợi và an vị là không ít. Họ coi việc chỉ hoãn CPH là chiến lược tối ưu, vì sau CPH người có trách nhiệm CPH là rất lớn nhưng lợi ích mà họ nhận được lại chưa xác định.
Trong các doanh nghiệp TMNN, DNNN nói chung cơ chế lương thưởng vẫn chủ yếu dựa vào thâm niên công tác, bằng cấp và việc tuyển dụng đề bạt, bổ nhiêm phụ thuộc vào rất nhiều yếu tố ngoài khả năng chuyên môn nghiệp vụ, nên tập thể người lao động ít có động cơ để làm việc, nâng cao nghiệp vụ chuyên môn. Nhiều người lao động sẽ được lợi sau CPH, bên cạnh đó cũng có rất nhiều người mất việc làm do không đáp ứng yêu cầu chuyên môn, dẫn đến việc không hăng hái với CPH
Công tác chỉ đạo của nhà nước còn chậm và lúng túng
Nhà nước chưa có văn bản đủ tầm cỡ về mặt pháp lý ( luật, pháp lệnh cổ phần hoá), nội dung trong văn bản chỉ đạo chưa rõ ràng, nhiều vấn đề chưa được khẳng định dứt khoát, cụ thể như: Trách nhiệm của cán bộ, ngành, địa phương trong việc chỉ đạo CPH như thế nào?; CPH là tự nguyện hay bắt buộc?; những doanh nghiệp nào sẽ phải CPH, những doanh nghiệp nào chưa hoặc không cổ phần hoá?; tỷ lệ cổ phần chi phối của nhà nước, tỷ lệ dành cho người lao động trong doanh nghiệp, tỷ lệ bán ra ngoài xã hội,… ?; việc bán cổ phần cho người nước ngoài có quy định nhưng chưa có văn bản hướng dẫn để thực hiện, các ngành các cấp ít quan tâm đến việc huy động vốn bằng hình thức này, còn lúng túng chưa giám làm; việc giải quyết một số thủ tục về pháp lý để tạo điều kiện cho các doanh nghiệp tiến hành CPH rất chậm; những thủ tục pháp lý về nhà xưởng, đất đai, xác định vốn, xác định giá trị doanh nghiệp và chuyển vốn đối với doanh nghiệp sử dụng những tài sản nhà nước do nhiều cơ quan quản lý; quy trình CPH rườm rà, phức tạp, nhiều thủ tục phức tập tốn kém.
Bộ phận chỉ đạo ở cả trung ương và địa phương đều kiêm nghiệm nên không tập trung vào công tác chỉ đạo CPH, dẫn đến công việc bị chậm trễ, kéo dài. Ban chỉ đạo trung ương CPH không đủ thẩm quyền quyết định trực tiếp các đề án hay kế hoạch cổ phần hoá doanh nghiệp
Một số chính sách chế độ cụ thể đối với các doanh nghiệp CPH chưa có sức hấp dẫn, chưa tạo điều kiện khuyến khích các doanh nghiệp hăng hái tiến hành CPH
Các doanh nghiệp TMNN, DNNN vẫn được nhiều ưu đãi của nhà nước hơn các công ty cổ phần như về xuất nhập khẩu, vay vốn ngân hàng; về thái độ trách nhiệm của các cơ quan nhà nước. Người lao động trong các doanh nghiệp đa số còn nghèo nàn, không đủ tiền mua cổ phiếu, chế độ cấp không cổ phiếu, hưởng cổ tức và chế độ cho vay để mua cổ phiếu trả chậm còn quá ngặt nghèo.
Cách tính giá trị doanh nghiệp chưa bao gồm việc xác định giá trị lợi thế của doanh nghiệp, chưa có cơ sở vững chắc, chế độ ưu đãi đối với các doanh nghiệp sau CPH chỉ được giảm thuế lợi tức 50% trong 2 năm đầu ( bất kể có lãi hay không ) còn thấp hơn so với đầu tư nước ngoài và khuyến khích đầu tư trong nước.
Việc xử lý các khoản nợ đang tồn đọng là một vấn đề bất cập trong các chính sách: Theo khoản 2, Điều 8, NĐ187: những khoản nợ “vô chủ” nằm trong qui định phải chuyển giao và mang tính kế thừa, nghĩa vụ và trách nhiệm. Mặc dù NĐ187 được thay thế bởi NĐ109 nhưng tại NĐ này (Điều 16) chỉ qui định về việc xử lý các khoản nợ đến hạn mà không đề cập đến việc xử lý các khoản nợ phải trả chưa đến hạn của doanh nghiệp TMNN, DNNN được CPH. Điều này có thể dẫn đến không thống nhất trong cách xử lý các khoản nợ phải trả chưa đến hạn của các doanh nghiệp được CPH. Mặt khác NĐ109 cũng không đưa ra các qui định về trình tự thủ tục, qui trình trong việc xác định về cơ chế tham gia của các chủ nợ vào quá trình xác định, bàn giao nợ cũng như trách nhiệm của các bên liên quan để bảo đảm tính chính xác trong việc bàn giao các khoản nợ. Điều 10, NĐ109 mặc dù có bổ sung thêm qui định các nghĩa vụ và trách nhiệm của doanh nghiệp cổ phần hoá được xác định bổ sung sau khi đã quyết toán, bàn giao cho công ty cổ phần không chịu trách nhiệm của công ty cổ phần, nhưng lại không có bất cứ qui định nào xác định cơ quan, tổ chức phải chịu trách nhiệm về khoản nợ không được bàn giao này
Thứ hai, vốn nhà nước còn chiếm tỷ trọng lớn trong vốn điều lệ ở nhiều doanh nghiệp không thuộc diện cần giữ cổ phần chi phối, phổ biến nhất là ở trong các tổng công ty nhà nước thuộc các ngành không chỉ riêng thương mại. Vấn đề thu hút cổ đông ngoài doanh nghiệp mới đạt 24,1% vốn điều lệ, mới có trên 20 công ty có cổ đông là nhà đầu tư nước ngoài là các cổ đông chiến lược. Vì thế cũng không có nhiều cơ hội để tham gia vào phát triển sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp.
Thứ ba, cơ chế vận hành và kiểm tra, giám sát dân chủ - Đây là vấn đề có ý nghĩa rất quan trọng. Sự bất cập, thậm chí sự khiếm khuyết của cơ chế phối hợp hoạt động của các chế độ kiểm tra giám sát đã tạo ra những kẽ hở gây ra những hạn chế thậm chí hậu quả không đáng có. Giám đốc doanh nghiệp TMNN là người chịu trách nhiệm trước nhà nước về doanh nghiệp và họ thường được bổ nhiệm; theo đó cơ quan nào bổ nhiệm sẽ là người đại diện chủ sở hữu doanh nghiệp. Nhưng khi bổ nhiệm giám đốc và trong quản lý nhân sự lại thường không qui định rõ về trách nhiệm, quyền hạn, quyền lợi và nghĩa vụ của họ. Thêm vào đó lại thiếu biện pháp kiểm tra, kiểm soát họ(các tổ chức Đảng, cơ quan hữu trách, cơ quan đoàn thể,…) một cách tương xứng chặt chẽ , thật sự dân chủ nên không ít giám đốc quản lý thiếu trách nhiệm, làm thất thoát tài sản, thậm chí là đục khoét tài sản của doanh nghiệp.
Thứ tư, công tác cán bộ quản lý trong các doanh nghiệp TMNN, DNNN, chúng ta thiếu nhiều cán bộ có nhiều kinh nghiệm và năng lực quản lý trong điều kiện kinh tế thị trường; chưa có trường chính quy đào tạo chuyên sâu cho đội ngũ này. Công tác nhân sự hiện nay chưa đáp ứng được việc tìm ra các nhà quản lý doanh nghiệp thực sự có năng lực trong nền kinh tế thị trường, chưa có cơ chế thi tuyển giám đốc. Cán bộ quản lý doanh nghiệp TMNN sau CPH như tổng giám đốc, hội đồng quản trị và kế toán trưởng chưa có qui định rõ ràng về trách nhiệm quyền lợi. Điều đó cũng tạo nên sự thiếu quyết tâm CPH của doanh nghiệp