- Bước 1: Phá màng tế bào và màng nhân Thơng thường người ta nghiền tế bào, mơ trong một hỗn hợp chất tẩy (như SDS, Sarcosyl) và proteinase (Proteinase
2.6.3.5.RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA).
Là phương pháp xác định sự đa hình về kích thước các đoạn DNA sau khi thực hiện PCR mẫu DNA thí nghiệm. Kỹ thuật cho phép phát hiện thể đa hình
mà khơng cần biết trước thứ tự các nucleotide bằng cách dùng các primer tổng hợp, đơn, ngắn, dãy mã được thiết kế ngẫu nhiên để thực hiện PCR. Sau khi bắt cặp tại các vị trí chuyên biệt trên sợi DNA, primer tiến hành sự khuếch đại để tạo ra các đoạn cĩ kích thước khác nhau, cĩ khi lên tới 2 kb. Các đoạn với kích thước khác nhau này được nhận biết bằng điện di. Một primer cĩ thể tạo nên sự đa hình DNA giữa các cá thể và các đoạn đa hình này cĩ thể được dùng như những marker để xác định sự đa dạng di truyền. RAPD được xem như một phương pháp tạo sự đa hình DNA nhanh và hữu hiệu. Các bộ kit primer dùng cho RAPD đã được thương mại hĩa trên thị trường và các primer cũng rất dễ được tổng hợp. Về trang thiết bị chỉ cần cĩ máy PCR và hệ thống điện di. Cần quan tâm đến yếu tố nồng độ DNA, điều kiện thí nghiệm, chương trình chạy PCR và cần lựa chọn primer thích hợp cho sự đa hình cao. 3’ 1 2 3 5’ DNA mẫu 5’ 4 5 6 3’
Hình 2.6: Sự bắt cặp và khuếch đại trong phản ứng RAPD – PCR
Ghi chú: - Các mũi tên biểu thị cho các primer (các primer cĩ trình tự giống nhau, khoảng 10 nucleotide); các số 1, 2, 3, 4, 5, 6 tượng trưng cho các vị trí trên DNA mẫu mà primer gắn vào; các primer bắt cặp vào các vị trí 1, 2, 3 trên mạch đơn DNA mẫu 3’- 5’, các primer bắt cặp vào các vị trí 4, 5, 6 trên mạch đơn DNA mẫu 5’ - 3’. Trong trường hợp này, cĩ 2 sản phẩm PCR được tạo thành:
- Sản phẩm A: Là sản phẩm PCR khuếch đại một đoạn DNA nằm giữa hai vị trí 2 và 5.
- Sản phẩm B: Là sản phẩm PCR khuếch đại một đoạn DNA nằm giữa hai vị trí 3 và 6.
Sản phẩm B Sản phẩm A
- Khơng cĩ sản phẩm PCR hình thành bởi các primer nằm ở vị trí 1 và 4 do hai vị trí này quá xa nhau để cho phép hồn thành sự khuếch đại.