Theo mức độ phức tạp của cấu trúc ngƣời ta phân làm ba loại tranposon:
Phần tử IS (Insertion sequences): Có cấu trúc đơn giản nhất, ít hơn 2.000 cặp
nucleotide. Chúng chỉ chứa các gen có khả năng di chuyển chúng vì vậy không đem lại cho tế bào kiểu hinh nào dễ nhận thấy cả. Tất nhiên các phần tử IS, cũng nhƣ các tranposon khác, có thể xâm nhập vào trong gen thực hiện các chức năng nhất định. Khi ấy có thể nhận biết sự hiện diện của chúng qua sự phá hủy chức năng.
Phần tử Tn (Transposon): Có cấu trúc phức tạp hơn trong thành phần của nó có
hơn 2.000 cặp nucleotide. Chúng tạo tính kháng kháng sinh và muối kim loại nặng cho tế bào, chứa thông tin về việc tổng hợp enterotoxin, hemolysine, sự lên men lactosae về nguyên tắc là có thể mang bất kì gen nào.
Phage ôn hòa Mu: Là loại transposon phức tạp nhất. Khi làm tan vỡ tế bào có thể
phát hiện chúng ở nhƣng điểm khác nhau của nhiễm sắc thể vi khuẩn, ở đây sự cƣ rú của prophage không thay đổi trong các dòng riêng. Trong trƣờng hợp phát triển sinh dƣỡng phage Mu, DNA của nó tái bản trong nhiễm sắc thể vi khuẩn và dần dần cách đoạn nó. Lúc này các bản sao DNA phage Mu còn có các gen quyết định sự phát triển sinh dƣỡng và sự chín của nó. Nhƣ vậy phage Mu là loại transposon đặc biệt, vì nó ở dạng tồn tại ngoài tế bào.
Các transposon vi khuẩn phân biệt với nhau bằng mức độ hội nhập (intergration). Các phần tử Tn7, Tn9, IS4, IS5 có mức độ hội nhập cao. Các phần tử Tn10, IS1, IS2 có mức độ hội nhập trung bình. Các phần tử Tn2, Tn4, Tn5 và DNA phage Mu nói chung gắn vào các chỗ ngẫu nhiên của bộ gen.Tần số chuyển vị của các transposon vi khuẩn cũng biến đổi trong phạm vi rộng từ 10-7 – 10-4. ở các điều kiện khác nhau hì nó phụ thuộc vào độ dài của transposon.