Cây thể hiện tính kháng đối với ký sinh gây bệnh là do chúng mang các đặc tính phân loại khác với nhóm ký chủ của ký sinh gây bệnh, hoặc cây chứa các gene kháng mà ký sinh không có gene tƣơng ứng để phá vỡ. Hiện tƣợng kháng và nhiễm của cây trồng đối với vi sinh vật gây bệnh là do số lƣợng khác nhau của gene kháng
hiện diện ở mỗi giống cây và mức độ ảnh hƣởng của gene kháng đối với ký sinh. Trƣờng hợp giống rất nhiễm đối với vi sinh vật gây bệnh thể hiện sự kiện không có gene kháng một cách hiệu quả chống lại nòi gây bệnh đó. Nhƣ vậy, sự kháng bệnh của cây trồng là do gene điều khiển. Một số giống cây trồng có thể có tính kháng đơn gene hoặc đa gene tuỳ theo số gene đối kháng với một đối tƣợng bệnh cây mà nó có.
2.3.3.1. Kháng bệnh đơn gene (monogenetic resistance)
Tính kháng bệnh đơn gene thƣờng do một gene có tính trội điều khiển hoặc có thể do một vài gene điều khiển nhƣng các gene này định vị rất gần nhau và liên kết với nhau rất chặt chẽ. Các gene kháng này có tính chuyên biệt cao đối với dòng sinh lý của mầm bệnh. Do đó các giống có tính kháng đơn gene thƣờng kháng rất mạnh đối với dòng sinh lý của mầm bệnh tƣơng ứng. Tuy nhiên, khi gặp dòng sinh lý khác của mầm bệnh, các giống này trở thành nhiễm bệnh và nhiễm nặng. Sử dụng thƣờng xuyên giống kháng đơn gene rất dễ dẫn đến sự chuyển đổi dòng sinh lý mới của mầm bệnh và tấn công đƣợc giống này.
2.3.3.2. Kháng bệnh đa gene (polygenetic resistance)
Tính kháng bệnh của nhóm này đƣợc biểu hiện bởi nhiều gene. Các gene kháng này có thể có gene trội lẫn gene lặn. Do có nhiều gene kháng nên các giống trong nhóm này có thể kháng với nhiều dòng sinh lý khác nhau của mầm bệnh. Nhờ đó, tính kháng của giống thƣờng bền hơn, lâu bị phá vỡ hơn nhóm giống kháng đơn gene. Tuy nhiên, tính kháng của nhóm này thƣờng không mạnh bằng nhóm kháng đơn gene. Các giống kháng đa gene thƣờng gây phiền phức cho các nhà lai tạo giống do có nhiều gene kháng và có cả gene lặn nên phân ly rất phức tạp và khó chọn lọc về sau.
2.3.3.3. Tính nhiễm bệnh do tế bào chất
Hầu hết các trƣờng hợp kháng hoặc nhiễm bệnh là do gene điều khiển. Tuy nhiên có một số trƣờng hợp tính nhiễm bệnh lại do tế bào chất quyết định. Trong trƣờng hợp này, tế bào chất lấn át cả gene điều khiển tính kháng làm cho gene này không hoạt động đƣợc.