DNA sau khi thu nhận đƣợc tiến hành phân tích định tính và định lƣợng bằng một số phƣơng pháp nhƣ phƣơng pháp đo mật độ quang, điện di.
Định lƣợng bằng quang phổ kế
Phƣơng pháp này cho phép ƣớc lƣợng tƣơng đối nồng độ nucleic acid có trong mẫu sau khi ly trích đƣợc. Nguyên tắc của phƣơng pháp này dựa vào sự hấp thụ mạnh ánh sáng tử ngoại ở bƣớc sóng 260 nm của các base purine và pyrimidine. Giá trị mật độ quang (OD: optical density) ở bƣớc sóng 260 nm của các mẫu đo cho phép xác định nồng độ nucleic acid trong mẫu dựa vào tƣơng quan: 1 đơn vị OD260nm tƣơng ứng với nồng độ 50 ng/μl cho dung dịch chứa DNA mạch kép và 40 ng/μl cho một dung dịch RNA hay DNA sợi đơn.
Tuy nhiên, cách tính này chỉ đúng với dung dịch chứa nucleic acid sạch. Để kiểm tra độ sạch của dung dịch, ngƣời ta đo thêm giá trị OD280nm. Tại bƣớc sóng 280 nm, protein có mức hấp thụ cao nhất, nhƣng các protein cũng hấp thu bƣớc sóng ở 260 nm nhƣ các nucleic acid và do đó làm sai lệch giá trị thật của nồng độ nucleic acid. Tỉ số OD260nm /OD280nm là tỉ số cho thấy độ tinh sạch của DNA.
- Tỉ số OD260nm /OD280nm = 1,8 đối với DNA tinh khiết.
- Tỉ số OD260nm /OD280nm = 2 đối với RNA tinh khiết. Định tính bằng phƣơng pháp điện di
Nguyên tắc của phƣơng pháp này dựa vào đặc tính cấu trúc của các nucleic acid. Đó là các đại phân tử tích điện âm nên khi chịu tác động của một điện trƣờng, chúng sẽ di chuyển về cực dƣơng của điện trƣờng. Tính linh động của các phân tử này
đƣợc phân tích trên bảng gel, nó phụ thuộc vào hai chỉ tiêu: khối lƣợng phân tử và nồng độ các chất cấu thành gel. Việc lựa chọn các loại gel cũng nhƣ nồng độ các chất tạo thành gel tùy thuộc kích thƣớc trung bình của các đoạn phân tử nucleic acid cần phân tách.
- Gel agarose: Là loại gel thông dụng nhất, dùng để phân tách những đoạn DNA có kích thƣớc từ 0,5 – 200 kb.
- Gel polyacrylamide: Đƣợc dùng để phân tách những đoạn có kích thƣớc nhỏ, dƣới 1000 bp.