Ly trích DNA là bước quan trọng đầu tiên để cho phép thực hiện phản ứng PCR, và từ đó thực hiện tiếp các bước tiếp theo. Với quy trình ly trích DNA tổng số của Lee và Taylor, có cải tiến được nêu ở mục 3.4.2, chúng tôi tiến hành ly trích DNA của nấm
R. solani.
Hình 4.1 Ảnh điện di DNA tổng số của 12 dòng nấm R. solani sau khi ly trích
Sản phẩm sau khi ly trích được kiểm tra bằng cách điện di trên gel agarose 0,8%. Qua kết quả điện di kiểm tra (hình 4.1), thấy rằng chúng tôi đã thành công trong việc ly trích DNA tổng số của nấm R. solani. Tuy nhiên, do quy trình không sử dụng RNAse để
1. BV-50-01; 2. BV-50-02; 3. BV-61-01; 4. BV-61-02; 5. BV-61-04; 6. BV-61-05; 7. BV-61-06; 8. BV-62-01; 9. BV-62-02; 10. BV-62-03; 11. BV-71-01; 12. BV-71-02 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 DNA tổng số Phần tạp
thủy phân RNA nên vẫn còn lẫn RNA trong mẫu ly trích nhưng điều này cũng không ảnh hưởng nhiều đến kết quả PCR vì DNA thu được tương đối sạch để thực hiện phản ứng PCR.
Nguyễn Thị Huệ (2003), áp dụng quy trình ly trích DNA của Raeder và Broda (1985), đã thu được DNA tổng số của nấm R. solani. Nhưng quy trình cần thêm 1 giờ để ly tâm loại bỏ cặn nấm và sử dụng RNAse để xử lý RNA. Như vậy, quy trình mà chúng tôi sử dụng là đơn giản, ít tốn kém, và tiết kiệm thời gian hơn so với phương pháp của Nguyễn Thị Huệ đã sử dụng.
Nguyễn Thị Tiến Sỹ (2005), khi áp dụng quy trình ly trích DNA của Lee và Taylor cũng thu được DNA tổng số của nấm R. solani. Tuy nhiên, trong quy trình này phải cần Natri acetate để kết tủa DNA. Trong quy trình của chúng tôi không cần sử dụng Natri acetate mà vẫn thu được lượng DNA tổng số, nên quy trình đơn giản hơn và tiết kiệm hóa chất, thời gian.