Vì FPGA dựa trên nền SRAM nên nó không thể lưu chương trình điều khiển có ngay trong chip bởi khi mất nguồi điện cung cấp cho nó thì chương tình không còn nữa chính vì thế nó phảiđược chương trình hoá mỗi lần hệ thống khởi động lại.Để giải quyết điều này thì phương thức thích hợp nhất cho ứng dụng này là phương thức Active Serial. Phương thức này bao hàm cả việc kết nối 1 serial EEPROM (E2) tới FPGA và có thuận lợi là chỉ yêu cầu 1 chân I/O để sử dụng. 2 kết nối còn lại tới E2 được dành cho các chân cấu hình. Hơn nữa các chân cấu hình được nối cao hay thấp là dùng để chỉ lược đồ cấu hình nào đang được sử dụng. Chính vì thế mà ta có thể giữ được chương trình điều khiển nếu mất nguồi cung cấp cho DSO, và tiết kiệm số chân của FPGA và có thể dùng chúng vào các úng dụng khác. Khi khỏi động lại thì chương trình sẽ được nạp vào chip FPGA thông qua chân JTAG của FPGA và ta lại có một DSO, thời gian này được tiến hành rất nhanh mà tạo cảm giác như không có gì.
Bằng cách sử dụng bộ hợp kênh để kết nối E2 tới FPGA và khi đó ta có thể hoặc có thể được kết nối tới FPGA hoặc tới programming header trên bo mạch. Vì thế có thể lập trình lại chương trình điều khiển cho FPGA trong khi chương trình cũ vẫn ở trong bản mạch và DSO vẫn đang hoạt động. Đầu vào được chọn tới bộ hợp kênh được đẩy mạnh bởi 1K điện trở và được kết nối tới ISP header. Khi ta nạp lại chương trình vào E2 thì khi đó chân được tự động nối đất trong thời gian nạp lại vào trong E2 và được đẩy vào chip FPGA trong thời gian sau khi khởi động lại. Việc này làm chuyển E2 từ chỗ được kết nối tới Altera thành được kết nối tới programmer. Sau khi việc lập trình hoàn tất, người sử dụng chỉ phải nạp lại hay reset lại DSO để nạp lại và bo mạch là có thể sử dụng lại DSO với những tính năng đã được cập nhật dữ liệu cấu hình mới từ chip bộ nhớ.