Trong quá trình thực hiện cho vay, thu nợ là khâu chiếm vị trí quan trọng được Ngân hàng đặc biệt quan tâm, nó không những thể hiện khả năng thẩm định khách hàng của cán bộ tín dụng mà nó còn phản ánh đến hiệu quả sử dụng đồng vốn của Ngân hàng. Doanh số thu nợ tùy thuộc vào kỳ hạn trả nợ thỏa thuận trong hợp đồng tín dụng, thường khoản nợ được trả sau một chu kỳ sản xuất kinh doanh.
Trong các năm qua, NHNO & PTNT chi nhánh Ngã Bảy không ngừng nâng cao hiệu quả hoạt động tín dụng. Cán bộ tín dụng đã thiết lập được quan hệ với những khách hàng đáng tin cậy, công tác thẩm định, đánh giá rủi ro được thực hiện khá tốt. Cộng thêm công tác quản lý và thu nợ, bám sát địa bàn, xử lý nợ của cán bộ tín dụng khá tốt. Mặc dù doanh số thu nợ của Ngân hàng tăng không đều nhưng cũng không thể nói công tác thu nợ của cán bộ tín dụng không tốt mà vì doanh số cho vay của Ngân hàng năm 2007 giảm so với năm 2006. Nếu năm 2005 chỉ thu được 89.460 triệu đồng thì năm 2005 tăng 97.741 triệu đồng, thu được 187.201 triệu đồng . Sang năm 2007, doanh số cho vay là 156.634 triệu đồng tức là giảm 30.567 triệu đồng (giảm 16,33 %) so với năm 2006.
Cũng như doanh số cho vay ngắn hạn chiếm tỷ trọng cao trong doanh số cho vay thì doanh số thu nợ ngắn hạn cũng chiếm tỷ trọng khá cao trong doanh số thu nợ. Qua 3 năm tỷ trọng thu nợ ngắn hạn của Ngân hàng liên tục tăng nếu năm 2005 tỷ trọng thu nợ ngắn
hạn trong doanh số thu nợ là 63,71 %, năm 2006 là 77,43 % và năm 2007 là 86,25%. Con số này cho thấy Ngân hàng đã giảm được một phần nợ khó đòi, và khẳng định được chủ trương tăng cường cho vay ngắn hạn, hạn chế cho vay trung và dài hạn là điều hoàn toàn hợp lý.