Chương trình BLASTZ được cài đặt theo năm bước chính.
Bước 1 thực hiện tìm kiếm và đánh dấu các đoạn giống nhau bị lặp lại ở cả hai trình tự (Repeat Finding)
Bước 2 tiến hành tìm kiếm các cặp hạt giống (seed) có độ tương đồng cao ở cả hai hệ gen, trong bước này BLAST sử dụng độ tương đồng 12of19 được đề xuất bởi Ma[15]. Ngoài ra cho phép có 1 sự thay thế giữa các cặp nucleotide ở 1 vị trí bất kỳ trong 12 vị trí ở trên.
Bước 3 BLASTZ sẽ tiến hành mở rộng các cặp seed tìm được. Quá trình mở rộng này được thực hiện như sau:
• Lần lượt mở rộng các cặp seed về hai phía, không cho phép chèn gap. Quá trình mở rộng dừng lại khi chi phí phạt vượt quá một ngưỡng cho phép (X).
• Nếu điểm số sắp hàng cặp ADN thu được đạt mức K cho trước. Tiếp tục tiến hành mở rộng cặp ADN lần lượt về 2 phía với việc cho phép chèn gap. Quá trình mở rộng tiến hành cho đến khi chi phí phạt vẫn chưa vượt quá ngưỡng cho phép (Y)
• Giữ lại các đoạn ADN có điểm số sắp hàng đạt một mức cho trước (L). Bước 4 là thực hiện ghi nhận lại vị trí các đoạn tương đông tìm được sao cho phù hợp với 2 hệ gen ban đầu.
Bước 5 là tiến hành điều chỉnh lại kết quả cho phù hợp với các tùy chọn. Cuồi cùng, BLASTZ có 1 tùy chọn cho phép việc đảo ngược một hệ gen rồi tiến hành sắp hành lại với hệ gen còn lại. Việc này cho phép tìm kiếm các đoạn tương đồng trong trường hợp 1 đoạn gen bị đảo ngược.
BLASTZ xây dưng một hệ thống tùy chọn, cho phép người dùng thay đổi các tham số của chương trình phù hợp với mục đích của người sử dụng.