Tổ chức bộ máy quản lý vừa là sản phẩm của cơ chế quản lý, vừa là công cụ để thực hiện cơ chế. Do vậy, nó cần được hình thành một cách đồng bộ và đáp ứng được các nhu cầu phát triển của các doanh nghiệp. Việc quản lý nhà nước đối với các doanh nghiệp hiện nay trong nhiều bộ nghành chức năng khác nhau. Các văn bản pháp lý mang tính chất quản lý chung chung, chưa có sự phân biệt các loại qui mô doanh nghiệp. Mỗi cơ quan có văn bản riêng, chưa có cơ quan đầu mối giúp chính phủ phối hợp với các bộ, nghành để thực hiện chức năng quản lý nhà nước đối với các doanh nghiệp. Uỷ ban nhà nước về doanh nghiệp có nhiệm vụ phối hợp với các cơ quan chức năng để:
Một là, nghiên cứu, hoạch định chiến lược phát triển doanh nghiệp. Hai là, tham mưu cho chính phủ thiết lập hệ thống hỗ trợ các doanh nghiệp vừa và nhỏ.
Ba là, tham gia xây dựng hệ thống luật pháp thúc đẩy hỗ trợ phát triển khu vực doanh nghiệp vừa và nhỏ như: Luật cơ bản về doanh nghiệp vừa và nhỏ, Luật các hiệp hội doanh nghiệp vừa và nhỏ... Đặc biệt là cần phải xây dựng một đạo luật hoặc pháp lệnh về bán lẻ trong nước để điều chỉnh hoạt động kinh doanh siêu thị.
Bốn là, tham gia vào các hoạt động, chính sách liên quan tới doanh nghiệp vừa và nhỏ.
Bên cạnh đó, nhà nước cần tăng cường quyền tự chủ cho các doanh nghiệp, đẩy mạnh quá trình đổi mới sắp xếp và nâng cao hiệu quả kinh doanh của doanh nghiệp. Cần khẩn trương xoá bỏ tình trạng đặc quyền và độc quyền kinh doanh của doanh nghiệp nhà nước phù hợp với lộ trình hội nhập kinh tế quốc tế. Nhà nước có cơ chế kiểm soát, điều tiết hoạt động đối với các doanh nghiệp có thị phần lớn, có thể khống chế thị trường.
Phân biệt rõ chức năng quản lý nhà nước, chức năng quản lý của chủ sở hữu với chức năng quản lý kinh doanh của các doanh ghiệp. Tăng cường hơn nữa vai trò kiểm tra, giám sát hoạt động kinh doanh của các cơ quan quản lý nhà nước và vai trò tự giám sát của các doanh nghiệp.