Thực hiện công cuộc đổi mới do đảng khởi xướng và lãnh đạo, hệ thống ngân hàng đã chuyển đổi mô hình ngân hnàg một cấp thành ngân hàng hai cấp. Từ tháng 5/1990 đến nay, theo pháp lệnh NHNN và pháp lệnh ngân hàng, hợp tác xã tín dụng và công ty tài chính được công bố ngày 24/5/1990, ngân hàng VN chuyển thành ngân hàng hai cấp và chức năng kinh doanh tiền tệ một cách tương đối
Lúc này hệ thống ngân hàng đã chú ý tới một loại công nghệ mới, công nghệ thông tin với một khái niệm hết sức đơn giản - máy tính
Việc ứng dụng máy tinhd vào công tác thanh toán liên hàng là một bước đột phá làm thay đổi hẳn bộ mặt giao dịch của ngân hàng, chuyển từ hình thức thanh toán liên hàng băng thủ công sang hình thức thanh toán qua mạng vi tính, chuyển việc lập giấy báo liên hàng băng tay theo mẫu in sẵn của NHNN sanglập trên máy vi tính, chuyển việc đối chiếu bằng thư sang đối chiếu qua mạng truyền tin, chuyển việc truyền nhận thông tin từ phương pháp thủ công sang bán tự đông rồi tự động hoàn toàn bằng đường điện thoại thông qua modem quay số do máy chủ điều khiển. Dữ liệu của giấy báo liên hàng và số đối chiếu được truyền cho đơn vị nhận dưới dạng file, được nén và mã hoá theo quy định, việc kiểm soát và đối chiếu trong thời kỳ này được thựuc hiện như liên hàng truyền thống: kiểm soát tập trung, đối chiếu phân tán, áp dụng hình thức này tốc độ thanh toán được tăng rõ rệt, thời gian của món thanh toán giảm xuống còn từ 1 đến 2 ngày, thời gian đối chiếu còn từ 2 đến 3 ngày, hạn chế được nhiều sai sót không đáng có, giấy báo liên hàng được in ra rõ ràng, sạch đẹp việc kiểm soát đối chiếu trở nên đơn giản, nhanh chóng, chính xác hơn. Do tốc độ thanh toán được tăng lên đáng kể làm giảm lượng vốn nằm trong thanh toán, được khách hàng đánh giá cao từng bước xoá bỏ mặc cảm của doanh nghiệp và xã hội đối với ngân hàng, từ đó khối lượng thanh toán qua ngân hàng sẽ tăng lên
Tuy nhiên thanh toán liên hàng qua mạng máy tính vẫn còn tồn tại một số hạn chế như: Một số khâu thanh toán vẫn phải làm thủ công như vẫn phải lập 3 giấy báo liên hàng, vẫn phải tính ký hiệu mật bằng tay. Vì vậy vẫn còn những sai sót thường gặp như sai các yếu tố trên giấy báo, sai các ký hiệu mật dẫn đến phải tra soát nhiều lần gây chậm trễ trong thanh toán, tốc độ xử lý chậm, tính bảo mật không cao… Hơn nữa do áp dụng phương thức kiểm soát tập trung đối chiếu phân tán tức là TTTT tiến hành kiểm soát tất cả các chuyển tiền và lập bảng đối chiếu gửi các đơn vị liên hàng để các đơn vị này đối chiếu, nên việc phát hiện các sai sót và xử lý còn chưa kịp thời gây nên sự chậm trễ trong thanh toán
Do những hạn chế trên một hệ thống thanh toán được ra đời thay thế cho thanh toán liên hàng qua mạng máy tính đó là hệ thống CTĐT