- Sức cạnh tranh ngày càng gay gắt giữa các Ngân hàng trên đại bàn. Đặc biệt việc khai trương các chi nhánh, phòng giao dịch của các Ngân hàng thương mại do đó sẽ ảnh hưởng đến quá trình hoạt động kinh doanh của chi nhánh NHCT - Đồng Tháp nói riêng, mà quan trong là vấn đề cạnh tranh lãi suất, và một số hoạt động dịch vụ. Mặc khác, trong xu thế hiện nay một sự cạnh tranh tiềm ẩn đối với càc Ngân hàng nước ngoài với khả năng tài chính, với kinh nghiệm thương trường.
- Giá cả thị trường biến động đột biến, đặc biệt một số mặt hàng như: xăng, dầu, nguyên vật liệu phục vụ xât dựng,… đã ảnh hưởng đến mặt bằng giá cả chung, làm sức ép tăng giá tất cả các mặt hàng, dịch vụ. Đặc biệt là giá vàng và Đôla ngoại tệ tăng mạnh trong năm 2006 ảnh hưởng trực tiếp đến tâm lý của các nhà đầu tư. Bên cạnh đó, cơn bão vào cuối năm 2006 đã làm thiệt hại lớn cho tỉnh Đồng Tháp nói riêng các tỉnh ĐBSCL nói riêng, đã gây không ít khó khăn trong hoạt động kinh doanh của Ngân hàng như: Công tác thu hồi nợ, huy động vốn, vào cuối năm.
- Sức cạnh tranh còn yếu so với sự bùng phát của các Ngân hàng thương mại trên cùng địa bàn ảnh hưởng đến việc mở rộng thị phần, công tác quản lý khách hàng.
- Đội ngũ nhân viên mặc dù tăng cả về số lượng và chất lượng nhưng vẫn chưa đáp ứng kịp với thời hội nhập hiện nay.
- Việc triển khai các dịch vụ, sản phẩm, vẫn còn chậm so với yêu cầu kinh tế phát triển hiện nay so với các Ngân hàng thương mại khác.
- Việc thậm định khi vay vốn của khách hàng, đặc biệt là doanh nghiệp với các báo cáo tài chính tuy đầy đủ nhưng chưa có tính trung thực, nên không thể tránh khỏi những rủi ro trong quá trình thậm định.
- Vấn đề khách quan là trình độ nhận thức của người dân còn yếu, quan điểm của họ là không an tâm khi đem gửi tiền, nên hạn chế trong việc huy động vốn.
- Sự thay đổi những chính sách trong thị trường tiền tệ của Nhà nước đều là ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh của Ngân hàng, mang tính thiệt hại hơn là có lợi cho Ngân hàng.