CTSHPT 2006 đƣợc xây dựng theo trình tự tổ chức của thế giới sống, tức là theo tiếp cận SHHT, bắt đầu từ TB đến cơ thể rồi quần thể, quần xã, hệ sinh thái và sinh quyển. Vì vậy, các kiến thức đƣợc bố trí theo mạch nội dung gồm 7 phần cơ bản.
Lớp 10 gồm phần I, II, III:
Phần I. Giới thiệu chung về thế giới sống
Giới thiệu các cấp tổ chức của sự sống và những đặc trƣng của hệ thống sống. Phần này cũng điểm qua hệ thống phân loại sinh giới, nguyên tắc phân loại các giới SV, đặc điểm chung của mỗi giới trong hệ thống phân loại 5 giới.
Phần II. Sinh học tế bào
Phần này đề cập đến TB nhƣ một hệ cấu trúc - chức năng thông qua phân tích cấu trúc - chức năng của các bộ phận cấu trúc của TB. TB đƣợc xem là một CĐTCS nên có các đặc điểm chủ yếu nhƣ chuyển hoá vật chất và năng lƣợng, sinh trƣởng và phát triển, sinh sản thông qua quá trình nguyên phân.
Phần III. Sinh học vi sinh vật
Đề cập đến TB nhƣ một quá độ từ cấp CĐTCS TB lên CĐTCS cơ thể, đề cập đến các quá trình sống nhƣ chuyển hoá vật chất và năng lƣợng, sinh trƣởng, sinh sản các VSV - các cơ thể đơn bào.
Phần IV - Sinh học cơ thể (Lớp 11)
Nội dung đề cập đến SH cơ thể đa bào (TV, ĐV) biểu hiện ở các quá trình SH cơ bản là chuyển hoá vật chất và năng lƣợng, sinh trƣởng và phát triển, sinh sản, cảm ứng.
Lớp 12 gồm phần V, VI, VII:
Phần V. Di truyền học
Nội dung bao gồm những vấn đề về cơ sở vật chất, cơ chế di truyền ở cấp độ phân tử, TB. Các quy luật di truyền, biến dị, ứng dụng di truyền và biến dị
Phần VI. Tiến hoá
Đề cập đến các bằng chứng tiến hoá, nguyên nhân và cơ chế tiến hoá, sự phát sinh và phát triển của sự sống.
Phần VII. Sinh thái học
Bao gồm những nội dung về mối quan hệ giữa SV với SV và SV với MT từ cấp độ cá thể đến quần thể, quần xã và hệ sinh thái, sinh quyển. Phần này là khái quát những dấu hiệu bản chất của tổ chức sống cấp độ trên cơ thể: quần thể, quần xã, hệ sinh thái - sinh quyển.
Nhƣ vậy, việc xây dựng chƣơng trình và SGK đã quán triệt các quan điểm tiến hoá và sinh thái cũng nhƣ vận dụng tiếp cận SHHT. Nhiệm vụ quán triệt và vận dụng các quan điểm trên tiếp theo là của ngƣời GV trong giảng dạy. Thông qua quá trình giảng dạy của GV để chuyển đến HS những tƣ tƣởng đó, hình thành ở HS kiến thức, kĩ năng, thái độ đúng đắn. Để làm đƣợc nhƣ vậy, bản thân ngƣời GV phải nắm vững vấn đề, trên cơ sở đó lựa chọn nội dung, phƣơng pháp phù hợp với từng chƣơng, từng bài trong quá trình dạy học để hình thành ở HS kiến thức, kĩ năng, thái độ cần thiết theo yêu cầu của mục tiêu đề ra, trong đó thái độ rất quan trọng của văn hoá SH là ý thức bảo vệ MT sinh thái.
CTSHPT 2006 đã nêu rõ các quan điểm xây dựng và phát triển chƣơng trình:
Chƣơng trình phải thể hiện đƣợc những tri thức cơ bản, hiện đại trong các lĩnh vực sinh học, ở các cấp độ tổ chức sống, đồng thời phải lựa chọn những vấn đề thiết yếu trong Sinh học có giá trị thiết thực cho bản thân học sinh và cộng đồng, ứng dụng vào đời sống, sản xuất, bảo vệ sức khoẻ, bảo vệ môi trƣờng,...
Chƣơng trình cần quán triệt quan điểm sinh thái và tiến hóa. Các đối tƣợng tìm hiểu đƣợc đặt trong mối quan hệ mật thiết giữa cấu tạo và chức
năng, giữa cơ thể và môi trƣờng. Các nhóm sinh vật về cơ bản đƣợc trình bày theo hệ thống tiến hóa từ nhóm có tổ chức đơn giản đến nhóm có tổ chức phức tạp.
Các kiến thức sinh học trong chƣơng trình THPT đƣợc trình bày theo các cấp tổ chức sống từ các hệ nhỏ đến các hệ lớn: tế bào cơ thể quần thể - loài quần xã hệ sinh thái - sinh quyển [3, tr. 7,8].
Sau khi học xong môn SH trong nhà trƣờng phổ thông, HS cần đạt đƣợc một trong các mục tiêu về kiến thức là: có những hiểu biết phổ thông, cơ bản, hiện đại, thực tiễn về các cấp tổ chức sống, từ tế bào, cơ thể đến các cấp trên cơ thể nhƣ quần thể - loài, quần xã, hệ sinh thái - sinh quyển. Có một số hiểu biết về các quá trình và quy luật sinh học cơ bản ở cấp TB và cơ thể nhƣ trao đổi chất và năng lƣợng, sinh trƣởng và phát triển, cảm ứng và vận động, sinh sản và di truyền, biến dị [3, tr. 6].