Nghề trồng lỳa đó cú từ lõu đời, gắn với sự phỏt triển của dõn tộc Việt Nam. Từ bƣớc sơ khai lạc nghiệp (đất đƣợc đắp bờ giữ nƣớc, trồng lỳa) nhiều giống lỳa địa phƣơng cũn giữ cho đến ngày nay. Sự phỏt triển của dõn tộc Việt Nam về phớa biển vào phớa Nam gắn với sự phỏt triển những cỏnh đồng lỳa nƣớc. Những cuộc khai hoang di dõn lớn vào Miền Nam, gắn với việc đào kờnh mƣơng lớn khai thỏc đồng bằng Nam bộ.
Theo Bựi Huy Đỏp (1999) [11] thời Phỏp thuộc đó thành lập Cục tỳc mễ Đụng Dƣơng, cú nhiệm cụ đảm nhiệm nghiờn cứu về cõy lỳa và triển khai kết quả nghiờn cứu ra sản xuất, nhiệm vụ chủ yếu là thu thập cỏc giống lỳa ở cỏc tỉnh rồi tiến hành cỏc bƣớc sau:
1- Lọc giống chọn ra những dũng tốt (EP). 2- Danh sỏch cỏc dũng đó chọn đƣợc (CR). 3- Nhõn giống hẹp (PM).
4- Nhõn giống đại trà.
Từ khi hoà bỡnh lập lại nƣớc ta khụng ngừng thu thập và nghiờn cứu để bảo tồn sự đa dạng di truyền nguồn tài nguyờn cõy lỳa, năm 1988. Viện cõy lƣơng thực và thực phẩm đó thu thập đƣợc 3.691 mẫu cõy lỳa, trong đú cú 3.186 mẫu thu từ 30 nƣớc khỏc nhau trờn thế giới cũn 500 giống lỳa địa phƣơng, cỏc mẫu giống đƣợc đỏnh giỏ cỏc tớnh trạng và sắp xếp thành nhúm theo thời gian sinh trƣởng nhƣ sau:
- Nhúm cực ngắn: Loại này cú thời gian sinh trƣởng từ 90 - 110 ngày gồm cú 345 mẫu.
- Nhúm ngắn ngày: Cú thời gian sinh trƣởng từ 110 - 120 ngày, nhúm này cú 860 mẫu.
- Nhúm trung ngày: Nhúm này cú thời gian sinh trƣởng 121 - 140 ngày, nhúm này cú đến 1. 684 mẫu.
- Nhúm dài ngày: Nhúm này cú thời gian sinh trƣởng trờn 140 ngày, ở nhúm này cú 78 mẫu.
Nghiờn cứu về sử dụng quỹ gen cõy trồng từ nguồn nhập nội, Trần Đỡnh Long (1992) [16] đó khảo sỏt 53.124 mẫu giống cõy trồng của 72 loài khỏc nhau, trong đú 47.970 mẫu nhập nội từ Liờn Xụ cũ, đó khảo sỏt đỏnh giỏ đƣợc 7.694 mẫu giống lỳa, phớa Bắc 5.629 mẫu, phớa Nam 2.065 mẫu.
Những mối đe doạ làm tổn hại nguồn gen cõy lỳa theo Lƣu Ngọc Trỡnh (1996) [20] trong vài chục năm trở lại đõy do nhiều nguyờn nhõn khỏc nhau, sự đa dạng của cõy trồng núi chung và cõy lỳa núi riờng đó bị xúi mũn đỏng kể, sự xúi mũn đa dạng di truyền nguồn gen của cõy lỳa đú là:
- Sự xúi mũn di truyền: Từ khi tiến hành hỡnh thành nền sản xuất nụng nghiệp đến nay con ngƣời đó thuần hoỏ một khối lƣợng vụ cựng lớn cỏc giống của nhiều loại cõy khỏc nhau. Khi cỏch mạng xanh ra đời ngƣời nụng dõn đó sử dụng một số lƣợng lớn của cỏc giống cải tiến cú năng suất cao, thay thế vị trớ của cỏc giống cõy địa phƣơng đó tồn tại lõu đời trong sản xuất cú nguồn gen quý nhƣng năng suất khụng cao, kộm chịu phõn đạm nờn khụng sử dụng đƣợc trong sản xuất và cũng khụng tồn tại trong thực tế.
- Sự tồn tại di truyền: Do việc thu hẹp tiềm năng di truyền của cỏc giống sản xuất gõy nờn, đõy là mối nguy cơ của nền nụng nghiệp đầu tƣ thõm canh cao ở cỏc nƣớc phỏt triển. Thực chất nền sản xuất nụng nghiệp cỏc nƣớc phỏt triển trong thế kỷ qua từ đa canh chuyển sang độc canh, nhất là từ khi nền nụng nghiệp sản xuất nhỏ thành nền sản xuất hàng hoỏ, từng khu vực chỉ sử dụng một loại cõy trồng cú giỏ trị hàng hoỏ cao, mỗi loại cú một số lƣợng giống ớt ỏi, vỡ vậy đó dẫn đến nhiều thảm hoạ dịch bệnh gõy nờn ở nƣớc ta trong hơn 10 năm trở lại đõy, vớ dụ: Dịch dầy nõu gõy hại vụ xuõn năm 1986 - 1987 phỏ hoại nặng
trờn hai giống lỳa đú là: NN8 và VN10 ở cỏc tỉnh phớa Bắc; dịch rầy nõu, vàng lựn, lựn xoắn lỏ xảy ra trờn diện rộng ở cỏc tỉnh Miền Nam năm 2006.
- Sự huỷ diệt di truyền, cú những loài và giống cõy mất hẳn đi, do những nguyờn nhõn sau:
+ Sự xỏo trộn tổ chức dõn cƣ, cú trƣờng hợp cả tập đoàn giống bị mất hẳn do việc thờ ơ sau những thay đổi về tổ chức nhõn sự.
+ Những biến động do chiến tranh, bạo loạn.
+ Nguyờn nhõn đúi kộm mất mựa, nụng dõn ăn hết cả giống.
Từ những nguyờn nhõn trờn đõy dẫn đến sự cạn kiệt về nguồn gen cõy lỳa ở Việt Nam.