Tập tin được lưu trữ trên đĩa, do đó việc quản trị đĩa là hết sức quan trọng trong việc cài đặt hệ thống tập tin. Có hai phương pháp lưu trữ : một là chứa tuần tự trong việc cài đặt hệ thống tập tin. Có hai phương pháp lưu trữ : một là chứa tuần tự trên n byte liên tiếp, hai là tập tin được chia làm thành từng khối. Cách thứ nhất không hiệu quả khi truy xuất những tập tin có kích thước lớn, do đó hầu hết các hệ thống tập tin đều dùng khối có kích thước cố định.
IV.1 Kích thước khối
Một vấn đề đặt ra là kích thước khối phải bằng bao nhiêu. Điều này phụ thuộc vào tổ chức của đĩa như số sector, số track, số cylinder. Nếu dùng một cylinder cho một khối cho một tập tin thì theo tính toán sẽ lãng phí đến 97% dung lượng đĩa. Nên thông thường mỗi tập tin thường được lưu trên một số khối. Ví dụ một đĩa có 32768 byte trên một track, thời gian quay là 16.67 msec, thời gian tìm kiếm trung bình là 30msec thì thời gian tính = msec để đọc một khối kích thước k byte là :
30 + 8.3 + (k/32768) x 16.67
Từ đó thống kê được kích thước khối thích hợp phải < 2K . Thông thường kích thưóc khối là 512, 1K hay 2K.
IV.2 Lưu giữa các khối trống
Có hai phương pháp. Một là sử dụng danh sách liên kết của khối đĩa. Mỗi khối chứa một số các địa chỉ các khối trống. Ví dụ một khối có kích thước 1 K có thể lưu trữ được 511 địa chỉ 16 bit. Một đĩa 20M cần khoảng 40 khối. Hai là, sử dụng bitmap. Một đĩa n khối sẽ được ánh xạ thành n bit với giá trị 1 là còn trống, giá trị 0 là đã lưu dữ liệu. Như vậy một đĩa 20M cần 20K bit để lưu trữ nghĩa là chỉ có khoảng 3 khối. Phương pháp thứ hai này thường được sử dụng hơn.