NHCT Hai Bà Trưng là một chi nhánh của NHCT Việt Nam. Sau khi thực hiện nghị định số 53/HDBT ngày 26/03/1988 của hội đồng bộ trưởng về tổ chức bộ máy NHNN Việt Nam chuyển sang cơ chế NH hai cấp, từ một chi nhánh NHNN cấp quận và một chi nhánh ngân hàng kinh tế cấp quận thuộc địa bàn quận Hai Bà Trưng trực thuộc NHNN thành phố Hà Nội chuyển thành các chi nhánh NHCT khu vực I và II quận Hai Ba Trựng trực thuộc chi nhánh NHCT thành phố Hà Nội thuộc NHCT Việt Nam. Tại quyết định số 93/NHCT-TCCB ngày 1/4/1993 của tổng giám đốc ngân hàng công thương Việt Nam sắp xếp lại bộ máy tổ chức NHCT trên địa bàn Hà Nội theo mô hình quản lý hai cấp của NHCT Việt Nam, bỏ cấp thành phố, hai chi nhánh NHCT khu vực I và II Hai Bà Trưng là những chi nhánh trực thuộc NHCT Việt Nam
được tổ chức hạch toán kinh tế và hoạt động như các chi nhánh NHCT cấp tỉnh, thành phố. Kể từ ngày 1/9/1993, theo quyết định của Tổng giám đốc NHCT Việt Nam, sát nhập chi nhánh NHCT khu vực I và chi nhánh NHCT khu vực II- Hai Bà Trưng. Như vậy, kể từ ngày 1/9/1993 trên địa bàn quận Hai Bà Trưng (Hà Nội ) chỉ còn duy nhất một chi nhánh NHCT.
Hiện nay, NHCT khu vực II Hai Bà Trưng đã vượt qua những khó khăn ban đầu và khẳng định được vị tríư, vai trò của mình trong nền kinh tế thị trường, đứng vững và phát triển trong cơ chế mời, chủ động mở rộng mạnh lưới giao dịch, đa dạng hoá các dịch vụ kinh doanh tiền tệ. Mặt khác, ngân hàng còn thường xuyên tăng cường việc huy động vốn và sử dụng vốn, thay đổ cơ cấu đầu tư phục vụ phát triển kinh tế hàng hoá nhiều thành phần theo định hướng cộng nghiệp hoá- hiện đại hoá.
Để thực hiện chiến lược đa dạng hoá các phương thức, hình thức, giải pháp huy động vốn trong và ngoài nước, đa dạng hoá các hình thức kinh doanh và đầu tư, từ năm 1993 trở lại đây NHCT khu vực II- Hai Bà Trưng đã thu được nhiều kết qủ trong hoạt động kinh doanh, từng bước khẳng định mình trong môi trường kinh doanh mới mang đầy tính cạnh tranh.