Phần 4 Kết quả thảo luận 4.1 Về phần cứng
4.4.1. Hoạt động của máy
Khi khởi động máy, LCD hiện chu "Help??". Nếu nhấn nút Help trên bàn phím, màn
hình sẽ hiện cách sử dụng máy. Để kêt thúc ấn phím Cancel muốn tiêp tục ấn phím Help.
Sau khi ấn phím Cancel máy sẽ "khởi động", chờ đến khi màn hình hiện chữ "an STAR". Lúc này máy khởi động xong. Sau khi ấn Star màn hình hiển thị nhập số liệu. Đồng ý với số liệu nhập ấn phím OK, không đồng ý ấn Cancel. Khi nhập, nếu nhập sai máy yêu cầu nhập lại số.
Nhập xong máy sẽ chạy theo chương trình cài đặc. Sau khi chạy xong phản ứng PCR máy sẽ thông báo lên màn hình. Lúc này muốn chạy tiếp tục thì ấn phím Reset nhập lại số liệu mới.
4.4.2. Chạy phản ứng PCR
Mẫu chạy trên hai máy đồng thời. Một trên máy của hãng eppendorf và một trên máy chế tạo. Chạy RAPD trên đối tượng cây điều.
Trình tự của primer 11 (OPN 06): 5’GAGACGCACA 3’ và Tm = 35,30 C Bảng 4.5 Hoá chất chạy PCR
Hoá chất Dung dịch gốc Thể tích sử dụng Nồng độ cuối PCR buffer
MgCl2 dNTP
Primer (OPN 06) Taq DNA polymerase DNA mẫu H2O 25 mM 25 mM 10 mM 10 pmol/ul 5 U 20 ng/ul 2,5 ul 2 ul 3 ul 0,65 ul 0,1 ul 1 ul 19 ul 250 uM 200 uM 120 uM 6,5 pmol (260 uM ) 0,5 U 20 ng
Bảng 4.6 Chu kỳ nhiệt chạy PCR Số chu kỳ Nhiệt độ (0 C) Thời gian (phút) 1 94 4 37 94 1 33 1 72 2 1 72 10 Hold 40 C
Kết quả điện di sau khi đã chạy PCR
Nhận xét:
Băng điện di của DNA chạy trên máy chế tạo cho kết quả rõ hơn band điện di chạy trên máy eppendorf. Máy chế tạo sau khi điện di cho ra 3 băng DNA, còn máy đối chứng cho ra 2 băng.
Giải thích kết quả:
Băng của máy chế tạo cho kết quả rõ hơn, vì trong quá trình hạ nhiệt độ để primer bắt cặp với DNA khuôn, thì tốc độ hạ nhiệt của máy chế tạo chậm hơn máy eppendorf vì vậy số lượng primer bắt cặp với DNA khuôn cao hơn.
Chạy đối chứng trên
máy Eppendorf Chạy trên máy
Hơn nữa, ở giai đoạn duy trì nhiệt độ, nhiệt độ của máy eppendof rất ổn định xem như không đổi.
Trong khi máy chế tạo, sự biến thiên so với nhiệt độ duy trì:
Thấp hơn nhiệt độ duy trì lớn nhất: 0,80 C
Cao hơn nhiệt độ duy trì lớn nhất: 1,10C
Do sự biến thiên nhiệt này làm cho hóa chất trong ống eppendorf có sự đối lưu tốt hơn, hay nói cách khác sự chuyển động hỗn độn của các phần tử nhanh hơn. Do vậy hóa chất được phân bố đều trong toàn thể tích làm cho phản ứng xảy ra tốt hơn.