Vi sinh vật cĩ ảnh hưởng đến thế oxy hĩa khử của cá trong suốt quá trình phát triển. Đặc biệt xảy ra với vi khuẩn hiếu khí, khi vi khuẩn này phát triển làm cho Eh của cá giảm xuống thấp. Với vi khuẩn kỵ khí, hiện tượng này xảy ra khơng đáng kể. Khi vi khuẩn hiếu khí phát triển nĩ sẽ lấy hết O2 trong cá, làm cho Eh giảm xuống thấp. Kết quả làm cho mơi trường trở nên thiếu chất oxy hĩa và giàu chất khử.
Vi sinh vật phát triển ở giá trị Eh cao được gọi là vi sinh vật hiếu khí bắt buộc và những lồi khác phát triển ở giá trị Eh thấp được gọi là vi sinh vật kỵ khí bắt buộc. Khác với vi sinh vật hiếu khí và kỵ khí bắt buộc, vi sinh vật kỵ khí khơng bắt buộc cĩ thể phát triển ở cả giá trị Eh cao và thấp bởi vì chúng cĩ hệ điều khiển bằng cách đĩng hoặc mở van để làm tăng hoặc giảm Eh hoặc cĩ sự hiện diện hay khơng cĩ sự hiện diện của oxy.
* Vi khuẩn hiếu khí bắt buộc
Vi khuẩn hiếu khí bắt buộc trong cá bao gồm Pseudomonas spp.,
Acinetobacter-Moraxella spp., micrococci và một vài lồi thuộc nhĩm Bacillus spp., sử dụng oxy như là chất nhận điện tử trong quá trình hơ hấp. Chúng cĩ thể phân giải protein và lipid tạo sản phẩm cuối cùng là CO2 và H2O. Chúng thường phát triển trên bề mặt của cá nguyên con và cá philê khi mơi trường cĩ đầy đủ oxy.
* Vi khuẩn kỵ khí bắt buộc
Clostridia chỉ cĩ thể phát triển với thế oxy hĩa khử thấp (-300mv) và một số lồi khác chỉ cĩ thể phát triển trong điều kiện khơng cĩ oxy. Giá trị Eh tối đa mà vi khuẩn kỵ khí phát triển từ +30 đến -250 mv. Một số lồi vi khuẩn kỵ khí cĩ thể phát triển ở thế oxy hĩa khử cao hơn nhưng trong mơi trường khơng cĩ oxy tốt hơn là cĩ sự hiện diện của oxy. Vi khuẩn kỵ khí khơng sinh bào tử như Bacteroides thường khơng chịu được với thế oxy hĩa khử cao, trong khi các lồi clostridia cĩ thể sống sĩt một thời gian dài ở thế oxy hĩa khử cao (+110 mv) trong sự hiện diện của oxy và đơi khi cũng phát triển ở thế oxy hĩa khử cao (+370 mv) trong điều kiện khơng cĩ oxy. Vi sinh vật kỵ khí bắt buộc thường phát triển nhiều nhất ở phần trong của cá chưa chế biến.
Cá mới vừa đánh bắt, Eh trong mơ cơ cá luơn luơn dương (+200 đến +300 mv). Trong suốt quá trình bảo quản, Eh giảm nhanh và cịn lại ở mức rất thấp, Eh âm trong suốt quá trình ươn hỏng (- 300 đến - 400 mv).
Cĩ mối quan hệ rất gần giữa Eh và sự hiện diện của TMAO. Ví dụ ở cá tuyết, Eh trong mơ cơ giảm cùng với sự khử TMAO thành TMA. Ở cá muối, vi khuẩn khử TMAO bị ức chế nhờ aw thấp, vì vậy TMAO dao động khơng lớn, Eh thay đổi khơng đáng kể và vẫn duy trì giá trị dương.
* Vi khuẩn kỵ khí khơng bắt buộc
Vi khuẩn kỵ khí khơng bắt buộc trong cá như Lactobacillaceae,
spp., Acinetobacter-Moraxella spp. cĩ thể sử dụng oxy như chất nhận điện tử, nhưng trong điều kiện khơng cĩ oxy chúng cĩ thể nhận các điện tử khác như NO3-, SO42-, TMAO. Chúng cĩ thể phát triển trên bề mặt và cả bên trong thịt cá, hoạt động phân giải protein và lipid. Sản phẩm của sự phân giải thường là các acid hữu cơ và TMA (trong trường hợp vi khuẩn khử TMAO). Chúng là các vi khuẩn rất quan trọng gây nên sự ươn hỏng thực phẩm. Một số lồi kỵ khí khơng bắt buộc như
Enterobacteriaceae là vi khuẩn gây ảnh hưởng đến sức khỏe cộng đồng.