Khả năng tạo gel của pectin phụ thuộc chủ yếu vào hai yếu tố: chiều dài của chuỗi pectin và mức độ methyl hóa.
Chiều dài của chuỗi pectin:
Chiều dài của phân tử quyết định độ cứng của gel. Nếu phân tử pectin có chiều dài quá thấp thì nó sẽ không tạo được gel mặc dù sử dụng với hàm lượng rất cao. Chỉ có pectin có chiều dài phân tử lớn hơn 10000 mới có khả năng hình thành gel tốt. Còn nếu quá dài gel tạo thành cứng. Các pectin đều là những chất keo háo nước nên có khả năng hydrat hóa cao nhờ sự gắn các phân tử nước vào nhóm hydroxyl của chuỗi polymethyl galacturonic. Ngoài ra, trong phân tử pectin có mang điện tích âm nên chúng có khả năng đẩy lẫn nhau có khả năng làm giãn mạch và làm tăng độ nhớt của dung dịch. Khi làm giảm độ tích điện và hydrat hóa sẽ làm cho sợi pectin xích lại gần nhau và tương tác với nhau tạo nên một mạng lưới ba chiều rắn chứa pha lỏng ở bên trong.
Mức độ methoxyl hóa qui định cơ chế tạo gel:
HMP: Tạo gel bằng liên kết hydro
Điều kiện tạo gel: [đường] > 50%, pH 3-3.5, [pectin] 0.5-1%.
Đường saccarose có khả năng hút ẩm cao nên nó làm giảm mức độ hydrat hóa của phân tử pectin trong dung dịch, pH thấp làm giảm độ tích điện của các phân tử. Vì vậy các phân tử có thể tiến lại gần nhau hơn để tạo thành liên kết nội phân tử và tạo gel.
Liên kết hydro được hình thành giữa các phân tử có thể là hydroxyl-hydroxyl, carboxyl- carboxyl hoặc hydroxyl-carboxyl.
Gel tạo thành sẽ có tính mềm, dẻo, dính. Cấu trúc của gel phụ thuộc vào hàm lượng đường, pH, hàm lượng pectin, loại pectin và nhiệt độ. Lưu ý không nên dùng pH quá thấp sẽ gây ra hiện tượng nghịch đảo một lượng đường saccarose lớn gây kết tinh glucose và hóa gel nhanh, gel bị vón cục.
Khi sử dụng một lượng cố định bất cứ một loại pectin nào pH, nhiệt độ càng thấp và hàm lượng đường cao thì gel tạo thành càng nhanh.
LMP: Tạo gel bằng liên kết với ion Ca2+
Pectin có hàm lượng nhóm metoxyl thấp khi có sự tham gia của các ion kim loại nhiều hóa trị như Ca2+ và hàm lượng đường trên 35% thì nó sẽ tạo ra độ đông tụ bền vững.
Vai trò của Ca2+ trong việc tạo gel là: các phân tử axit pectic tác dụng tương hỗ lẫn nhau nhờ các nhóm carboxyl tự do, các nhóm này lại liên kết nhau nhờ các ion Ca2+ thành khung bền vững.
Gel tạo thành có tính đàn hồi cao.