Bên cạnh những thành tựu đạt được, đầu tư nông nghiệp tỉnh Hà Tây trong thời gian vừa qua vẫn còn một số tồn tại làm giảm kết quả và hiệu quả đầu tư . Cụ thể:
+ Công tác lập kế hoạch đầu tư còn chưa thật sâu sát, chưa đúng hướng, không sắp xếp một cạh khoa học các vùng các dự án cần ưu tiên đầu tư
+ Đầu tư còn bị dàn trải trên diện rộng, chưa có những trọng điểm trọng tâm , vốn đầu tư có xu hướng phân bố đều theo vùng với một tỉ lệ nhất định mà chưa chú ý tới điều kiện cụ thể của những địa điểm hay những nơi nào cần phải đầu tư nhiều hơn , chú ý hơn
+Đầu tư mạnh nhằm hiện đại hoá cho hệ thống thuỷ lợi là rất tốt nhưng lại ít chú ý đầu tư cho hệ thống giống , điều này sẽ tạo ra sự phát triển thiếu tồn diện, ngành nơng nghiệp trong tương lai sẽ khó phát triển mạnh được và khó có thể chuyển dịch cơ cấu theo mong muốn
+ Đầu tư chuyển dịch cơ cấu theo hướng tăng tỷ trọng chăn nuôi vẫn chưa đạt được mục tiêu đề ra
+Việc huy động vốn đầu tư làm chưa thật hiệu quả, nguồn vốn của dân cư , doanh nghiệp chưa được khai thác sử dụng cho đầu tư một cách triệt để, vốn đầu tư nước ngoài rất hiếm. Việc sử dụng vốn ngân sách còn nhiều lãng phí, chưa thất hiệu quả
+Cơng tác quản lí dự án đầu tư còn lỏng lẻo, nhiều cơ quan có nhiệm vụ về quản lí đầu tư cịn có một số sai phạm cần khắc phục
+ Chưa có những chính sách thật phù hợp thuận lợi nhằm thu hút vốn đầu tư và khuyến khích đầu tư vào nơng nghiệp: như chính sách về thuế nơng nghiệp, chính sách ruộng đất , chính sách khuyến nơng, chính sách về giáo dục đào tạo kiến thức cho người nông dân
...
Những tồn tại trên đã làm giảm tính hiệu quả của đầu tư phát triển ngành nơng nghiệp; vì vậy để phát huy hơn nữa vai trò của đầu tư , trong thời gian tới cần có những giải pháp thiết thực.