Trong giai đoạn đầu đổi mới hệ thống ngân hàng Việt Nam từ năm 1988 đến tháng 6/1992 NHNN quy định cụ thể lãi suất tiền gửi, lãi suất cho vay ở từng loại kỳ hạn cho các tổ chức tín dụng và kinh tế.
Tháng 12/1995 NHNN khơng cịn quy định cụ thể từng loại kỳ hạn cho lãi suất tiền gửi và cho vay, chuyển sang quy định sàn lãi suất đối với tiền gửi và trần lãi suất đối với cho vay.
Tháng 1/1996 NHNN bỏ quy định sàn lãi suất, chỉ cịn quy định trần lãi suất cho vay.
Tháng 8/2000 thực hiện cơ chế lãi suất cơ bản cộng với biên độ đối với tiền đồng và ngoại tệ.
Tháng 6/2001 thả nổi lãi suất cho vay bằng ngoại tệ.
Tháng 6/2002 tự do hố lãi suất cho vay bằng tiền đồng.
Việc NHNN thực hiện tự do hố lãi suất tiền gửi và thực hiện quy định trần lãi suất cho vay bắt đầu từ năm 1996 đã đánh dấu một bước cải cách quan trọng theo hướng tự do hố lãi suất. Với việc chỉ khống chế lãi suất cho vay tối đa, giúp các NHTM chủ động hơn trong kinh doanh thơng qua tự do quy định mức lãi suất huy động. Tuy vậy, vẫn cịn khống chế mức chênh lệch giữa lãi suất cho vay bình quân và lãi suất huy động bình quân là 0,35%/tháng.
Năm 1998 đánh dấu một bước tiến mới trong điều hành chính sách lãi suất VND gắn với lãi suất USD và điều hành tỷ giá. Chính sách lãi suất điều hành trong thời kỳ này theo hướng khuyến khích sản xuất, đảm bảo tính cân đối giữa tỷ giá và lãi suất, hạn chế sự dịch chuyển vốn từ tiền đồng sang đơ la Mỹ, lãi suất ngắn hạn VND được điều chỉnh tăng nhẹ và lãi suất cho vay ngoại tệ giảm từ 8,5%/năm xuống 7,5%/năm, đồng thời đưa ra quy định điều chỉnh lãi suất tiền gửi tối đa đối với tiền gửi ngoại tệ của các doanh nghiệp.
Sang năm 1999 và 2000, diễn biến lãi suất trở nên căng thẳng khi đối phĩ với những khĩ khăn mới, tình trạng giảm phát xuất hiện. Chỉ số giá hàng tiêu dùng và dịch vụ giảm liên tục. NHNN đã phải thực hiện điều chỉnh 5 lần lãi suất cho vay tối đa, trong đĩ cĩ 4 lần điều chỉnh lãi suất cho vay bằng nội tệ để thực hiện kích cầu. Lãi suất tiền gửi và lãi suất huy động vốn cũng thường xuyên giảm xuống nhưng lượng tiền vốn từ dân cư gửi vào ngân hàng vẫn theo chiều hướng tăng. Đến cuối năm 1999, tổng số nguồn vốn huy động của các ngân hàng và TCTD tăng gần 20% so với cuối năm 1998. Hàng nghìn tỷ đồng vốn nội tệ bị đọng trong NHTM.
Tháng 8/2000, theo QĐ 241/NH-QĐ của NHNN, cơ chế lãi suất cơ bản cộng thêm biên độ đối với tiền đồng và ngoại tệ được áp dụng. Hàng tháng NHNN sẽ cơng bố mức lãi suất cơ bản, lãi suất tái cấp vốn và lãi suất tái chiết khấu. Tuy nhiên, cơ chế điều hành lãi suất cơ bản vẫn mang bĩng dáng cơ chế trần lãi suất vốn ít nhiều làm méo mĩ quan hệ cung cầu vốn trên thị trường, gây trở ngại cho các TCTD trong việc huy động và phân bổ hiệu quả nguồn lực quan trọng đối với tăng trưởng kinh tế. Cụ thể là những dự án sản xuất kinh doanh khả thi, cĩ thể mang lại lợi nhuận cao và đương nhiên rủi ro đi kèm thường cao khơng tiếp cận được nguồn vốn tín dụng ngân hàng bởi vì với những dự án này, lãi suất cho vay (gồm cả yếu tố rủi ro) sẽ vượt mức lãi suất cơ bản cộng với biên độ cho phép.
Và mốc quan trọng đánh dấu bước tiến trong điều hành lãi suất của NHNN đĩ chính là việc NHNN thực hiện tự do hố lãi suất cho vay ngoại tệ từ tháng 6/2001 trong bối cảnh lãi suất trên thế giới giảm thấp, các điều kiện kinh tế tiền tệ trong nước đã được nâng cao. Việc tự do hố lãi suất cho vay ngoại tệ đã cĩ tác dụng khuyến khích cho vay ngoại tệ, giúp cho mối quan hệ lãi suất tỷ giá được xác lập hợp lý hơn, cũng như tạo điều kiện cho việc NHNN thực hiện vai trị điều tiết tiền tệ thơng qua các cơng cụ chính sách tiền tệ khác.
Sau thời gian đúng một năm thực hiện thả nổi lãi suất cho vay ngoại tệ và tình hình kinh tế vĩ mơ tạo điều kiện thuận lợi cho việc thực hiện cơ chế lãi suất cho vay thoả thuận dựa trên cơ sở thị trường, năng lực của NHNN trong việc điều tiết và kiểm sốt lãi suất thị trường thơng qua các cơng cụ chính sách tiền tệ đã được nâng lên, năng lực tài chính, khả năng cạnh tranh của các NHTM ngày càng được củng cố. Quyết định 546/2002/QĐ-NHNN của Thống đốc NHNN về việc tự do hố lãi suất cho vay bằng VND đã cĩ hiệu lực ngày 01/06/2002. Với việc thực hiện cơ chế lãi suất cho vay thoả thuận, cĩ thể khẳng định rằng NHNN đã tiến hành một bước quyết định trong việc đổi mới cơ chế điều hành lãi suất. Và việc điều hành lãi suất dựa trên cơ sở thị trường chắc chắn là yếu tố nền tảng tạo điều kiện cho cơng cuộc cải cách hệ thống ngân hàng theo định hướng thị trường, giúp cho hệ thống ngân hàng Việt Nam thực hiện tốt vai trị trung gian tài chính trong nền kinh tế.
Như vậy, biện pháp hành chính duy nhất trong quản lý lãi suất mà NHNN cịn áp dụng là khống chế lãi suất tiền gửi bằng đơ la Mỹ của các doanh nghiệp. Hiện tại các ngân hàng chỉ được phép trả 0,1%/năm đối với khoản tiền gửi khơng kỳ hạn, 0,5 và 1%/năm đối với khoản tiền gửi cĩ kỳ hạn dưới sáu tháng và trên sáu tháng.