Thực tế chỉ ra rằng thuế là một vấn đề nhạy cảm và tác động nhanh tới hoạt động kinh tế. Nhằm làm sống động nền kinh tế sau 2 năm suy thoái nặng nề 1997 – 1998, và để kích thích tiêu dùng và đầu tư, Chính phủ Nhật Bản đã tập trung vào việc cải cách thuế, coi đó là một phần trong cải cách cơ cấu của Nhật Bản. Trong năm tài chính 1999, Chính phủ đã thực hiện chương trình cắt giảm thuế thường xuyên và thuế chiến lược.
Trong cắt giảm thuế thường xuyên thì thuế thu nhập sẽ được cắt giảm 20% với mức cắt giảm tối đa không quá 250.000 Yên. Mức thuế thu nhập cao nhất sẽ giảm từ 65% xuống 50%. Thuế nhà ở sẽ được giảm 15% với mức cắt giảm tối đa là 40.000 Yên. Thuế công ty sẽ được cắt giảm từ 46,36% xuống còn 40,87% với tổng trị giá là 2,3 nghìn tỷ Yên (Nguyễn
Minh Phong – Trịnh Thanh Huyền, Cải cách hệ thống tài chính Nhật Bản những năm cuối thập kỷ 90 và bài học cho Việt Nam, Nxb Tài chính, Hà Nội). Thuế chiến lược bao gồm việc nới lỏng thuế đối với các tài sản cầm
cố trị giá 2,5 nghìn tỷ Yên. Có thể nói đây là chương trình cắt giảm thuế lớn nhất trong lịch sử của Nhật Bản.
Không giống như các nước công nghiệp khác, ở Nhật Bản thuế trực tiếp như thuế công ty, thuế thu nhập đóng vai trò quan trọng hơn thuế gián tiếp như thuế giá trị gia tăng.
Thời gian gần đây, do kinh tế Nhật Bản suy thoái trầm trọng nên nhiều công ty đã không nộp thuế, và điều đó đã trực tiếp làm tổn thương đến ngân khố quốc gia. Vì vậy, Hội đồng chính sách kinh tế và tài chính Nhật Bản do thủ tướng Kozumi làm chủ tịch đã đưa một loạt đề suất mới về cải cách thuế. Trong đó coi thuế thu nhập như là mục tiêu hàng đầu cần thay đổi. Theo đề xuất mới này, mức thuế khởi điểm sẽ được hạ thấp nhằm mục đích mở rộng diện chịu thuế (tăng số lượng người đóng thuế), giảm thuế suất tối đa từ mức 75% xuống còn 70%. Trước đây, nhiều gia đình Nhật Bản không phải đóng thuế vì mức khởi điểm phải đóng thuế thu nhập còn cao. Ngoài ra, sẽ đánh thuế tài sản nặng hơn, đặc biệt là những vụ mua bán bất động sản lớn nhằm làm dịu đi sự bất ổn trong thị trường bất động sản. Thuế đánh vào tài sản thừa kế và quà tặng sẽ giảm nhăm kích thích tiêu dùng, hiện đang ở mức 5%. Mặc dù đây là cải cách hợp lý nhất nhưng nó có thể ảnh hưởng xấu đến tiêu dùng như đã xảy ra vào năm 1997, khi tỷ lệ thuế tiêu dùng tăng từ 3 lên 5%. Các nhà phân tích cho rằng năm nay là năm
thuận lợi nhất để Chính phủ đẩy mạnh cải cách thuế – một hành động mất lòng dân, vì là năm không có tổng tuyển cử (Tin Kinh tế 25-04-2002).
Chính sách giảm thuế thu nhập có tác động tích cực nếu đó là sự cắt giảm lâu dài vì đối với người tiêu dùng, một mức thuế thu nhập thấp hơn sẽ kích thích chi tiêu, đặc biệt đối với người có thu nhập thấp. Nhưng sự cắt giảm lâu dài lại tiềm ẩn nguy cơ chin ép đầu tư bởi vì lợi tức trái phiếu dài hạn sẽ gia tăng – hậu quả của gia tăng nợ chính phủ. Ngược lại, một mức thuế công ty thấp hơn chỉ kích thích đầu tư khi đó là sự cắt giảm tạm thời bởi vì đầu tư phụ thuộc nhiều vào lợi nhuận, đầu tư quá mức và lòng tin.
Thu thuế ở Nhật Bản tính đến tháng 3/2003 giảm 5,5% xuống còn 47,9 nghìn tỷ Yên, thấp hơn so với dự toán 1,7 nghìn tỷ Yên. Thuế thu từ các công ty giảm 12,7% so với năm tài chính trước, xuống còn 10,3 nghìn tỷ Yên, giảm 935 tỷ Yên so với dự toán.
Trong năm tài chính 2002, Nhật Bản dự tính sẽ cắt giảm 1.000 tỷ Yên thuế công ty và ngày 5/8/2002 Thủ tướng Koizumi đã cắt giảm thêm 1.000 tỷ Yên thuế công ty thêm một năm nữa, nghĩa là năm tài chính 2003 kết thúc vào tháng 3/2004 tạo ra sự cạnh tranh bình dẳng cho các công ty.
Giảm thuế tập trung vào các công ty trong việc tăng cường sử dụng vốn và nghiên cứu. Thuế công ty của Nhật Bản hiện nay là 40,87% so với thu nhập, cao hơn chút ít so với Mỹ (40,75%). Nhưng mức này cao hơn 10,84% mức thuế của Anh và 6,54% của Pháp, và cao hơn các nước châu á
khác 10 đến 15% (Việt Nam News, 12/8/2002).