Vi sinh vật thường sử dụng lipit làm nguồn năng lượng. Các triglixerit hoặc triaxilglycerol, các este của glycerol và các acid béo (hình 17.21) là các nguồn năng lượng phổ biến. Chúng có thể bị thuỷ phân thành glycerol và các acid béo bởi các lipase
vi sinh vật. Sau đó glycerol được phosphoryl hoá rồi được oxy hoá thành
Hình 17.21: Một triaxilglycerol hoặc triglixerit
Các nhóm R biểu thị các chuỗi bên là acid béo. (Theo: Prescott và cs, 2005)
Các acid béo từ các triaxilglycerol và các lipit khác thường bị oxy hoá trong con
đường β-oxy hoá sau khi chuyển thành các este của coenzyme A (Hình 17.22).
Hình 17.22: - Oxy hóa acid béo.(Theo: Prescott và cs, 2005)
Trong chu trình này các acid béo bị phân giải thành acetyl-CoA; Acetyl-CoA có thểđi vào chu trình TCA hay được sử dụng trong sinh tổng hợp. Mỗi vòng của chu trình sản ra Acetyl-CoA, NADH và FADH2. NADH và FADH2 có thể bị oxy hoá trong chuỗi vận chuyển electron tạo thành nhiều ATP hơn. Acid-CoA ngắn đi 2C lại sẵn sàng đi vào vòng tiếp theo của chu trình. Các acid béo của lipit là nguồn giàu năng lượng đối với sinh trưởng của vi sinh vật. Theo cách tương tự, một số vi sinh vật có khả năng sinh trưởng tốt trên các hydrocarbon của dầu lửa trong điều kiện hiếu khí.
Sự phân giải các axit béo giải phóng năng luợng chủ yếu ở dạng nhiệt hơn là sự
tạo thành ATP. Điều này là do sự kết hợp phản ứng tái oxi hóa của FADH2 với oxi tạo thành H2O2. Sau đó H2O2 bị phân giải bởi catalaza cho H2O và ½O2 với sự giải phóng
nhiệt là chủ yếu. Vì vậy các vi sinh vật sinh trưởng trên axit béo và các chất có liên quan như các alkan chuỗi dài thường tạo thành lượng lớn nhiệt.