Trên cơ sở các yếu tố khí tượng thủy văn liên quan đến môi trường sinh thái nhóm nghiên cứu đã thu thập phân tích đánh giá và chuẩn bị các loại số liệu khí tượng thủy văn liên quan đưa vào làm biên, làm thông số tính toán quá trình biến đổi sinh hóa trong môi trường nước lưu vực sông Nhuệ sử dụng mô hình ECOLab.
Thông số dòng chảy tính toán trong mô hình toán thủy động lực học bao gồm mực nước và lưu lượng sẽđược chuyển tải thành:
Độ sâu mực nước trong sông để từ đó sẽ là đầu vào trong tính toán về mức độ
ánh sáng theo các hộ sâu, nhiệt độ nước theo các độ sâu cũng như độ oxy hòa tan theo các độ sâu làm đầu vào cho các quá trình sinh hóa.
Vận tốc của các thành phần nước trong môi trường nước, thông số này đạc biệt quan trọng quyết định tốc độ trao đổi oxy giữa môi trường không khí và môi trường nước.
Đặc biệt lưu tốc sẽ tác động mạnh mẽ đến các quá trình chuyển tải, hòa tan, khuếch tán phân tử và khuếch tán rối các chỉ tiêu sinh hóa trong môi trường nước.
Bộ thông số này được tự động liên kết gữa mô hình thủy động lực học và với các phương trình tính biến đổi sinh hóa trong ECOLab.
Ngoài các thông số khí tượng thủy văn được được tính toán thông qua quá trình thủy
động lực học thì mô hình còn cung cấp một số thông tin về tọa độ vùng nghiên cứu. Với tọa vùng vùng nghiên cứu mô hình ECOLab sẽ tựđộng tính toán:
- Độ dài ngày đêm của vùng nghiên cứu.
- Lựa chọn một số công thức tính toán phù hợp với điều kiện tự nhiên vùng nghiên cứu.
Loại thông số này sẽ quyết định đến quá trình quang hợp và hô hấp của sinh vật trong môi trường nước.
Đối với lưu vực sông Nhuệ các thông số khí tượng thủy văn được sử dụng là các số
liệu đo đạc tại các trạm đo khí tượng thủy văn trong vùng. Chủ yếu là trạm Láng (Hà Nội).
Số liệu đo đạc dòng chảy và chất lượng nguồn nước lưu vực sông Nhuệ trong tháng 1/2007 cũng là một đầu vào quan trọng để trên cơ sởđó nhóm nghiên cứu đưa ra các quyết định khi lựa chọn/hiệu chỉnh bộ thông số mô hình, cụ thể báo gồm các số liệu:
- Lưu tốc dòng chảy.
- Độ sâu lớp nước dòng chảy. - Độ oxy hòa tan.
- Nhiệt độ nước.
- Độ sâu Sechi (mức độ xuyên thấu của ánh sáng).
Nhìn chung số liệu khí tượng thủy văn thu thập và đo đạc phục vụ tính toán mô hình chất lượng môi trường nước
Số liệu về nhiệt độ tầng bùn sát đáy hiện chưa được đo đạc thu thập do vậy trong mô hình số liệu này được giả thiết thông qua kinh nghiệm ứng dụng từ các nghiên cứu trên thế giới.