- Về mặt nhận thức: mặc dù Đảng và Nhà nước đã khẳng định chính sách nhất quán phát triển kinh tế nhiều thành phần, nhưng trong quá trình thực hiện vẫn còn một số phân biệt giữa các DNNVV với các DNNN.
- Về thể chế chính sách: Hệ thống pháp luật và môi trường kinh doanh đang được xây dựng để phù hợp với hòan cảnh mới, phù hợp với xu thế hội nhập quốc tế và khu vực. Tuy nhiên, các chính sách còn chưa ổn định, chồng chéo, thiếu rõ ràng, tính hiệu lực chưa cao làm cho các DNNVV gặp nhiều khó khăn khi tìm hiểu, vận dụng và chấp hành. Cải cách hành chính diễn ra chậm khiến doanh nghiệp mất rất nhiều thời gian và tiền bạc.
- Công tác lãnh đạo, chỉ đạo của các cấp chính quyền từ Trung ương tới địa phương đối với việc khuyến khích và tạo điều kiện để phát triển DNNVV còn nhiều hạn chế. Đội ngũ cán bộ công chức thực hiện nhiêm vụ còn thiếu và yếu, nhất là đối với các cơ quan cấp huyện, xã, một số cán bộ còn sách nhiễu, gây phiền hà cho doanh nghiệp. Ở một số khâu, bộ máy còn xảy ra tình trạng thiếu các phương tiện làm việc, dẫn đến sự quá tải, chậm chễ trong việc giải quyết những vướng mắc của doanh nghiệp.
- Nhà nước vẫn dồn một số lượng lớn vốn đầu tư vào các DNNV trong khi các DNNVV được rất hạn chế. Quỹ bảo lãnh tín dụng được vận hành kém, không hiệu quả.
- Công tác quản lý doanh nghiệp sau khi đăng ký kinh doanh còn nhiều hạn chế, thường xuyên không thống kê được tình hình hoạt động của doanh nghiệp, số các doanh nghiệp ngưng hoạt đông và giải thể.