Sau khi Mạc Chánh Trung thất thế, bèn cùng Văn Minh và Phúc Sơn đem các gia quyến chừng hơn trăm người chạy sang Khâm châu, vào cửa quân lưỡng Quảng tố cáo; Kể hết tội trạng Nguyễn kính chuyên quyền và ruồng đuổi các vị cựu thần quốc thích. Đềđốc quân vụ Trương Nhạc, [tờ 53b] bèn tâu về triều Minh, xin cứu trợ cho bọn Chánh Trung, vua nhà Minh bèn ra lệnh quan phủ Thiều châu và Thiệu Khánh thu xếp cho bọn Chánh Trung an cư vào xứ Thanh Viễn, và hàng năm phát gạo cho, chiếu theo cấp bậc.
Niên hiệu Nguyên Hòa thứ 16 (1548), vua Trang Tông dụ Hoàng đế thăng hà, vua Trung Tông lên nối ngôi ở xứ Thanh Hoa, đổi năm sau1.
Sau khi Tử Nghi đã chạy, giữ xứ Yên Quảng, y lại vào đaị phận nước Tàu, khua dụ các dân Man
ở ven biển nổi loạn cướp phá, làm tao nhiễu Khâm châu và tỉnh Quảng Đông, nhà Minh không chịu nổi, bèn truyền thư cho Phúc Nguyên rằng:
"Nhà ngươi vô lễ! Dong túng cho đảng nghịch cướp phá nơi biên thùy thượng quốc, ngươi phải
đem quân dẹp ngay. Nếu không thì đại quân sẽđến hỏi tội ngươi ".
Phúc Nguyên nhận thư trên, xiết đổi sợ hãi, bèn sai Kính Điển dẫn quân đến An Quảng đánh Tử
Nghi. Kính Điển mật sai tên tiểu tốt dụ bắt được Tử Nghi, [tờ 54a] đem chém, rồi đưa thủ cấp tới tỉnh Quảng Đông.
Phúc Nguyên phong Trần Phỉ chức Binh bộ Thượng thư Đô ngự sử. Tháng 4, lại gia thêm cho Trần Phỉ Tri quán cục, tham dự triều chính. Sau thăng tước Lai quận công.
Phong Phạm Quỳnh tước Vinh quận công, phong con trai Quỳnh là Dao tước Phú xuyên hầu. Phạm Quỳnh nguyên quán ở làng ở làng Đặng Xá, huyện Thanh Lâm, đến ngụ cư tại Thôn Bùi Tây xã Thịnh Liệt, nhà nghèo làm nghề bán trà. Khi Kính Điển lên 2 tuổi, thường đau ốm quặt quẹo luôn, muốn tìm người vú nuôi, Lê Bá Ly bèn sai vợ Phạm Quỳnh vào cung làm vú sữa nuôi Kính Điển. Đến đây, Kính Điển giữ chính quyền, nghĩ tới nghĩa bảo dưỡng của vợ Quỳnh, cho nên trọng dụng cả hai cha con Phạm Quỳnh: Sai Phạm Quỳnh giữ quyền tiết chế đông đạo; cho Phạm Dao trấn thủ xứ Sơn Nam, rồi thăng đến tước Văn quận công.
Mùa thu, Phúc Nguyên sai bầy tôi, bọn Lê Quang Bí [tờ 54b] sang nhà Minh dâng cống hiến thường niên.
Thời vua Trung Tông, niên hiệu Thuận Bình thứ nhất (1549), nhằm niên hiệu Gia Tĩnh thứ 28 triều Minh, Mạc Chính Trung đã chạy vào nước Tàu, bèn đến viện Đốc phủ nhà Minh, tố cáo tội trạng Nguyễn Kính chuyên quyền, bức hiếp đuổi bọn Chính Trung. Người nhà Minh ngờ Phúc Nguyên không phải là dòng dõi Đăng Dung, bèn truyền văn thư tra khám. Lúc này là thời kỳ Kính Điển vừa dẹp dưđảng của Tử Nghi xong, nên xứ Hải Dương và xứ Sơn Nam được tạm yên. Kính Điển bèn hộ vệ Phúc Nguyên
đến cửa quan Trấn nam, bảo Phúc Nguyên giả tên Hoằng Dực làm tờ trạng cam kết không có giả dối, xin
được tập phong chức Đô thống sứ. Lại sai kỳ mục bọn Lê Bá Ly đi theo cùng, và cùng làm tờ văn biện bạch rõ rệt, xin chiếu theo lệ trước, tâu đạt lên triều đình, cho Phúc Nguyên được tập phong. Quan quân môn Lưỡng Quảng [tờ 55a] bằng lòng nhận.
Mùa hạ, ngày 11, tháng 4, giờ tỵ, các Phủ: Nam Sách, Thượng hạ tầng, Lý Nhân, Khoái Châu và Trường An, đương lúc ban ngày, trời bỗng tối sầm, không gian liền nổi tiếng ầm ầm, rồi mưa đá đổ
xuống sầm sập! Có hạt mưa to bằng hòn đạn, có hạt to bằng cái hột gà, cũng có hạt to bằng cái đấu hoặc hộc đá, làm hư hại lúa ngoài đồng; cây dâu trong vườn; phá hoại nhà ở; chết chim ngoài đồng; người và súc vật bị thương rất nhiều.
Thượng thư Văn dương bá TạĐình Quang dâng tờ sớ rằng:
"Kính xét sách "Xuân thu khảo dị "và sách "Văn hiến thông khảo ", điều nói rằng: "Mưa đá là cái tượng khí âm hiếp khí dương ". Đó là ứng về sự bầy tôi có thế lực chuyên quyền, và cũng bởi những sự;
1 Câu này chính bản chép "cải minh niên " (đổi năm sau ". Như vậy chưa đủ nghĩa. Hoặc chép sót mấy chữ "vi thuận bình nguyên niên " (làm niên hiệu Thuận bình thứ nhất ) chăng ? nguyên niên " (làm niên hiệu Thuận bình thứ nhất ) chăng ?
Người hiền bị che kín; chỉ dùng người gian; nghe lời gièm, sưu cao thuế nặng; pháp lệnh đổi thay, cho nên mới có tai dịđó.
Nay bệ hạ tuy đã lớn tuổi, [tờ 55b] nhưng chưa đích thân điều khiển chánh sự, thì cái tai dị
mưa đá kia, chưa có thể đổ cả vì lỗi của vua. Vị Hoàng thúc thân vương, không thể coi viêc này làm thường được, và các vị đại thần cùng bá quan văn võ, há không tự nhận lỗi m à tìm phương cứu chữa ru ? Kính mong bệ hạ, ngày ngày chăm học thánh để tiến công thánh; lúc nào cũng tôn mệnh trời và sợ oai trời.
Về phần Khiêm Vương, nên tận thành tự xét mình...1. Đừng lấy thiên hạ tạm định tạm yên làm
đáng mừng; nên lấy công việc khó thành dể bại làm đáng sợ. Xử quyết công việc, thăng giáng các quan liêu, đừng sợ mếch lòng người mà không quyết đoán; chọn lọc cấm binh, nén hãm kẻ quyền quý, đừng cho là việc khó mà chỉ thờơ. [tờ 56a] Những kẻ gièm pha có hại đến người hiền tài, và những kẻ siểm nịnh, chỉ chực cầu ơn, đều nên ruồng bỏ hết thẩy, để cho tà không can chính, âm khỏi xâm dương. Sẽ co thể chuyển tai họa thành điềm lành ".
Phúc Nguyên nhận tờ sớ này, nhưng không theo nổi.
Mùa thu, Phúc Nguyên phong tước Quốc công cho viên Tướng Đông đạo mỗ; đổi phong tước Khiên quốc công của Mạc Đình Khoa ra tước Gia Quốc Công; bổ chức Thái úy cho hai Tướng Tây đạo Tây quốc công Nguyễn Kính và Đoan quốc côngNguyễn Khải Khang, đều cho đổi sang họ Mạc; thăng tước Nam đạo Phụng quốc công Lê Bá Ly lên chức Thái tể; ra lệnh duyệt tuyển quân 4 Vệ nội ngoại.
Bá Ly là một vị lão tướng trọng thần, chuyên giữ binh quyền, tham dự triều chính ai cũng tôn phục. Sau khi đánh phá Phạm Tử Nghi, uy danh càng thêm lừng lẫy! [tờ 56b] Con trai là Phổ quận công Khắc Thận, lấy trưởng công chúa Cẩm Hương, lại giữ quyền Tiết chế Lộ Sơn Nam, và giữ việc trong phủ; con rể là Văn phái hầu Nguyễn Quyện giữ vệ Cẩm y; con trai thứ là Thuần Lương Hầu cũng quản đốc đội cấm binh; nhân gia là, Thư quận công thiến, chức Thượng thư Bộ lại, Đổng giang hầu Bùi Trụ chức Tán lý quân vụ. Thân đảng kết liên, khí thế rực rỡ, bao nhiêu hùng binh các Trấn, đều nắm trong tay, bao nhiêu bầy tôi văn võ, đều ra bởi cửa. Phạm Quỳnh, và Phạm Dao, nguyên trước xuất thân trong hàng
đầy tớ nhà Bá Ly, bây giờ chúng được hiển đạt, lại đem lòng oán ghen, muốn tính sự hãm hại Bá Ly. Mùa xuân, niên hiệu Thuận Bình thứ 2 (1550), Phúc Nguyên mở khoa thi Cử nhân, [tờ 57a] lấy bọn Trần Văn Bảo cộng 25 người trúng tuyển.
Tháng 10, Trần Phỉ xin trí sĩ, Phúc Nguyên phong cho hàm Thiếu sư, cho về làng.
Năm Tân Hợi, niên hiệu Thuận Bình thứ 3 (1551), lúa này con trai Thái tể Bá Ly là Khắc Thận trấn thủ xứ Sơn Nam, đóng Đồn ở Văn Sàng, Thận đương tuổi thanh niên, chỉ ham chơi bời ca hát, ít khi làm việc, lại cất nhà cửa lộng lẫy, sắm kiệu son, lộng vàng. Phạm Quỳnh và Phạm Dao bèn gièm với Kính
Điển, bảo Khắc Thận có dị mưu (phản nghịch ). kính Điển ngạc nhiên mà rằng:
"Quốc gia trông cậy vào Tướng phụ (Bá Ly ) như quả núi cao, các ông không nên nói những lời như vậy ".
Phạm Quỳnh, Phạm Dao lại đem ý trên gièm pha với Phúc Nguyên.
Ngày 12, tháng 2, Phạm Quỳnh, Phạm Dao tự ý sai quân vây Bá Ly ở trại Giang mai vào lúc nửa
đêm, lại ngờ là nhân gia Đô ngự sử Nguyễn Thiến đồng mưu, bèn sai quân bắt úp. Nhưng lúc ấy Thiến
đương đi dự họp, Bá Ly thì ở trong trại quân, cho nên đều không bắt được. [tờ 57b] Đến lúc gà gáy sáng, người đầy tớ nhà Bá Lý ra ngoài, thấy có quân vây, vội trở vào báo, Bá Ly bèn thu thập người nhà và các quân sĩ, đóng cửa cố thủ, để chờ con em đến cứu viện. Một lát, Vạn an hầu, Văn phái hầu, và Tả
vệ hầu, mỗi người mang 3.000 cấm binh tới hộ vệ, giao chiến ác liệt với quân Quỳnh , Dao. Quỳnh, Dao thua chạy, Vạn an hầu bèn đem quân đón Bá Ly vềđóng tại Thịnh Liệt, rồi Khắc Thận cũng tựđồng Văn Sàng tới hội.