Bên cạnh những ưu điểm thì công tác hạch toán doanh thu, chi phí và xác định kết quả tiêu thụ trong Công ty CP Xi măng Bút Sơn vẫn còn những tồn tại cần phải khắc phục sau:
Thứ nhất, Công ty đã áp dụng phần mềm Fast Accoungting để thực hiện các công tác kế toán trong Công ty. Hằng ngày, kế toán chỉ cập nhật các chứng từ cần thiết, và thực hiện một số bút toán và các thao tác kết chuyển trên máy, chương trình sẽ tự động kết chuyển lên sổ chi tiết, sổ cái và các sổ
tổng hợp liên quan khi cần thiết kế toán chỉ cần in ra. Tuy nhiên, ngoài việc kế toán chi tiết trên máy, các nhân viên kế toán vẫn phải thực hiện một số thao tác hỗ trợ trên phần mềm excel và các phần mềm phụ trợ khác. Như vậy, phần mềm kế toán Fast accounting được thiết kế riêng cho Công ty vẫn còn một số hạn chế.
Thứ hai, các nghiệp vụ nhập xuất thành phẩm và các nguyên vật liệu, công cụ, dụng cụ, bao bì sử dụng cho các bộ phận trong Công ty nói chung, bộ phận bán hàng và quản lý doanh nghiệp nói riêng là rất lớn và phát sinh thường xuyên, chính vì vậy mà khối lượng chứng từ cũng rất lớn. Khi phát sinh các nghiệp vụ này, kế toán vật tư phải đi lấy chứng từ từ các bộ phận khác nhau, và có khi chứng từ không được chuyển đến kịp thời cho kế toán ghi nhận, gây khó khăn trong việc hạch toán.
Thứ ba, về kế toán chi phí bán hàng và chi phí quản lý doanh nghiệp, ta thấy Công ty tính lương cho bộ phận bán hàng và bộ phận quản lý doanh nghiệp theo công thức tính lương chung cho toàn Công ty, cách tính y hệt giống lương của nhân viên trực tiếp sản xuất. Điều này là không hợp lý bởi vì bộ phận bán hàng và quản lý doanh nghiệp không phải là những người trực tiếp sản xuất ra sản phẩm, đặc biệt là ở bộ phận quản lý doanh nghiệp đều là những tri thức có bằng cấp và công việc của họ xét ở một khía cạnh nào đó thì có hiệu quả cao và ảnh hưởng lớn đến toàn bộ Công ty. Trong thời gian gần đây thì có một số trường hợp các nhân viên có bằng cấp không thoả mãn với tiền lương được lĩnh đã thôi không làm việc tại Công ty như vậy Công ty đã đánh mất một nguồn chất xám lớn.
Thứ tư, việc kế toán doanh thu ta thấy Công ty không theo dõi các khoản giảm trừ doanh thu như chiết khấu thương mại, hàng bán bị trả lại, giảm giá hàng bán. Ở Công ty hầu như không xuất hiện những hiện tượng này. Tuy nhiên trong quá trình sản xuất kinh doanh, Công ty không thể đảm bảo hoàn
toàn về chất lượng sản phẩm của mình. Khi khách hàng không yên tâm về chất lượng và trả lại hàng cho Công ty thì Công ty buộc phải hạch toán các nghiệp vụ này.
Công ty quy định giá bán trên khung giá của Tổng Công ty vì vậy Công ty có quyền định giá phù hợp và thay đổi giá trong khung quy định. Như vậy, việc Công ty không có những khoản triết khấu thương mại là một bất lợi. Việc áp dụng chiết khấu thương mại cho khách hàng tiêu thụ một lượng lớn xi măng sẽ kích thích tiêu thụ và tạo thêm nhiều thị trường mới. Công ty phải linh hoạt trong việc quy định giá cả vừa đảm bảo lợi nhuận thu được vừa thúc đẩy được thị trường tiêu thụ của mình.
Thứ năm, Công ty thực hiện tiêu thụ trực tiếp thông qua hệ thống đại lý bao tiêu, Công ty không phải theo dõi các khoản phải thu và hoa hồng đại lý, cũng như việc xác định thuế phải nộp nhiều như trước nữa nhưng việc áp dụng hình thức tiêu thụ này còn tồn tại những bất cập. Nếu như đại lý bao tiêu đó không có nguồn lực tốt thì khả năng bán được hàng và thanh toán tiền là rất khó, rủi ro cao. Đồng thời trong thời buổi kinh tế thị trường cạnh tranh cao như hiện nay, việc Công ty chỉ ký hợp đồng tiêu thụ với một số đại lý bao tiêu thì khả năng phân phối hàng của Công ty trên các địa bàn sẽ hạn chế khả năng tiếp cận với các khách hàng nhỏ lẻ là rất ít và khi đó Công ty sẽ bị mất một lượng tương đối thị trường.
Thứ sáu, về việc lập các báo cáo quản trị cho toàn bộ hoạt động của Công ty nói chung và cho công tác hạch toán chi phí, doanh thu và xác định kết quả tiêu thụ nói riêng còn chưa được quan tâm nhiều.