Trong xu thế đổi mới sau Đại hội Đảng toàn quốc lần thứ VI (năm 1986), lần đầu tiên ở nước ta các ngân hàng cổ phần được thành lập. Ngân hàng Phát triển Nhà Thành phố Hà Nội - Tiền thân của Ngân hàng TMCP Nhà Hà Nội ngày nay là một trong những Ngân hàng cổ phần đầu tiên đó.
Ngày 30 tháng 12 năm 1988, Tổng giám đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam đã ra quyết định số 139 – NH/QĐ ban hành “Điều lệ Ngân hàng Phát triển Nhà Thành phố Hà Nội”. Ngày 31 tháng 12 năm 1988, UBND thành phố Hà Nội ra quyết định số 6719/QĐ-UB cho phép Ngân hàng Phát triển Nhà Thành phố Hà Nội, có tên gọi giao dịch Quốc tế là HABUBANK (viết tắt là HBB) được hoạt động kể từ ngày 2 tháng 1 năm 1989.
Ngay từ những ngày đầu thành lập, Habubank đã mở rộng các hoạt động hợp tác Quốc tế và nhận được sự hỗ trợ nhiệt tình từ WB, tổ chức ESCAP của UNDP. Với sự ra đời của Pháp lệnh Ngân hàng 1992, Habubank đã từng bước mở rộng, đa dạng hóa hoạt động và cung cấp đầy đủ các dịch vụ của một Ngân hàng thương mại: huy động tiền gửi và tiết kiệm từ dân cư, tổ chức; cho vay khách hàng; cung cấp các dịch vụ thanh toán, bảo lãnh trong nước và ngoài nước, … Với quãng đường 19 năm hoạt động, Habubank đã đi qua những thời kỳ khó khăn của nền kinh tế trên tiến trình bước ra khỏi thời kỳ bao cấp để tiến đến một nền kinh tế thị trường. Đến năm 2007, Habubank đã thành công trong việc xây dựng cho Ngân hàng một cấu trúc tài chính lành mạnh và an toàn với mức thặng dư vốn đạt trên 40% vốn điều lệ, các chỉ số an toàn vốn (CAR) đạt trên chuẩn Quốc tế, các chỉ số tài chính (ROA, ROE) duy
trì liên tục nhiều năm ở mức cao trong thị trường tài chính Việt Nam và Quốc tế. Các mốc phát triển quan trọng của Ngân hàng qua các thời kỳ bao gồm:
Ngày 2 tháng 1 năm 1989, Habubank khai trương hoạt động tại số 125 Bà Triệu, Hà Nội với số vốn điều lệ ban đầu là 5 tỷ đồng và tên gọi “NGÂN HÀNG PHÁT TRIỂN NHÀ HÀ NỘI”
Năm 1992, với sự ra đời của Pháp lệnh Ngân hàng và Hợp tác xã tín dụng, Habubank trở thành ngân hàng thành viên đa năng, cung cấp sản phẩm và dịch vụ đa dạng cho khách hàng. Ngân hàng cũng được đổi tên thành “NGÂN HÀNG THƯƠNG MẠI CỔ PHẦN NHÀ HÀ NỘI” và mở rộng cơ cấu cổ đông với sự tham gia của các cá nhân và doanh nghiệp thuộc các thành phần kinh tế.
Năm 1995, Habubank chính thức được phép cung cấp dịch vụ thanh toán Quốc tế, kinh doanh ngoại tệ và tăng vốn điều lệ lên 24,396 tỷ đồng
Năm 2001, Habubank mua lại Ngân hàng TMCP nông thôn Quảng Ninh và mở chi nhánh đầu tiên tại Quảng Ninh. Cùng năm này Habubank triển khai hệ thống Smartbank trong toàn hệ thống, là một trong những ngân hàng đầu tiên của Việt Nam thực hiện quản lý dữ liệu tập trung và nối mạng online toàn hệ thống, trở thành thành viên chính thức của Hiệp hội viễn thông tài chính liên ngân hàng toàn cầu (SWIFT).
Năm 2002, Habubank bắt đầu triển khai đề án nâng cao năng lực kiểm soát rủi ro và năm 2004 hợp tác với dự án SBV-GTZ (Đức) nhằm đẩy mạnh công tác quản trị rủi ro của Ngân hàng.
Năm 2005, triển khai dịch vụ ngân hàng tự động, thành lập trung tâm thẻ Habubank, phát hành thẻ Habubank Vantage và trở thành thành viên chính thức trong liên minh thẻ VNBC (Vietnambank Card).
Năm 2006, Habubank tăng vốn điều lệ lên 1.000 tỷ đồng và đưa vào hoạt động công ty chứng khoán Habubank, triển khai dự án nâng cấp hạ tầng dữ liệu thông tin phục vụ cho hoạt động kinh doanh và quản trị điều hành.
Năm 2007, tăng vốn điều lệ lên 2.000 tỷ đồng, hoàn thành việc lựa chọn Deustche Bank là đối tác chiến lược nước ngoài.
Năm 2008, tổng vốn điều lệ của Habubank đạt được 2.800 tỷ đồng. Số chi nhánh và phòng giao dịch của Habubank đạt 40 điểm trên toàn hệ thống.
Tới nay, qua 20 năm hoạt động, Habubank đã có mạng lưới ngày càng mở rộng, 8 năm liên tục được NHNN Việt Nam xếp loại A và được công nhận là Ngân hàng phát triển toàn diện với hoạt động ổn định, an toàn và hiệu quả. Habubank luôn giữ vững niềm tin của khách hàng bằng chất lượng sản phẩm dịch vụ và tác phong nhiệt tình, chuyên nghiệp của tất cả các nhân viên trong Ngân hàng.
Trong năm 2009, Habubank sẽ tiếp tục phấn đấu nỗ lực để đạt được các chỉ tiêu kế hoạch đặt ra, tiếp tục là một Ngân hàng thương mại hoạt động an toàn, ổn định và hiệu quả cao, hướng tới mục tiêu trở thành ngân hàng bán lẻ chuyên nghiệp hiện đại trong tương lai.