Nƣớc thải từ nhà máy theo hệ thống thoát nƣớc đƣợc dẫn đến bể chứa trung gian.Khi bể trung gian đầy, nƣớc thải từ bể trung gian đƣợc bơm sang các bể xử lý.
Trong mô hình có 2 bể xử lý hoạt động luân phiên và liên tục. Nếu nƣớc thải ở bể trung gian đầy (đƣợc phát hiện bởi cảm biến mức) thì nƣớc thải đƣợc bơm sang bể xử lý 1 hoặc bể xử lý 2 để tiến hành các giai đoạn xử lý.
Cả 2 bể xử lý có quy trình xử lý giống nhau. Giai đoạn đầu tiên là xử lý trung hòa nhằm tạo điều kiện để vi sinh vật ở giai đoạn sau phát triển tốt hơn. Đầu tiên NaOH đƣợc cho vào bể, NaOH tác dụng với các kim loại nặng (Zn, Ni, Cu, Fe, Pb …) trong nƣớc tạo kết tủa không tan và tác dụng với những chất có tính axit trong nƣớc thải. Trong quá trình xử lý NaOH bọt khí sẽ hình thành gây cản trở cho các quá trình sau.Đó là lý do mô hình sẽ sử dụng một dung dịch để phá các bọt khí này. Tiếp theo, axit đƣợc cho vào để trung hòa lƣợng NaOH dƣ làm cho độ pH của nƣớc thải ở mức trung tính (pH 6.5 – 7.5). Cuối cùnglà cho chất trợ lắng vào để tăng hiệu suất xử lý độ trong của
nƣớc thải. Tiếp theo là quá trình xử lý sinh học sử dụng vi sinh vật yếm khí. Một phần vi sinh vật bị chết đi trong quá trình xử lý hóa học, nhằm duy trì lƣợng vi sinh vật cần thiết thì lúc này ta sẽ bơm một phần vi sinh hiện có trong bể còn lại vào bể đang xử lý. Một nguyên nhân thứ 2 để giải thích cho quá trình này là trong thời gian chờ bể trung gian đầy để bơm qua bể xử lý thì vi sinh vật có sẵn trong bể sẽ chết đi do thiếu thức ăn (chất hữu cơ) gây lãng phí và không đạt hiệu suất cao.