Hiện nay, người dân địa phương khai thác các loài như tre, măng, mây, cây thuốc, ... trong Khu bảo tồn để đáp ứng nhu cầu cần thiết của người dân địa phương và nhu cầu thị trường, có tiềm năng gây ra sự suy thoái sinh cảnh nghiêm trọng nếu không được tuân thủ nguyên tắc bền vững và giám sát chặt chẽ. Người dân có xu hướng khai thác cạn kiệt lâm sản ngoài gỗ ở những địa điểm mà họ phát hiện, làm mất nguồn thức ăn trực tiếp và gián tiếp của các loài động vật. Một thí dụ điển hình là Quả mây - nguồn thức ăn cho các loài chim quý như các loài trong họ chim trĩ (Phasianidae) hay hoa Phong lan bị hái quá mức cũng ảnh hưởng đến các loài côn trùng liên quan tới hoa Phong Lan như các loài ong và bọ ngựa hoa Phong lan.
HVTH: Phạm Cẩm Hồng Trang 22 Do công việc khai thác được tiến hành trái phép nên hệ số đổ gãy rất lớn và ảnh hưởng rất nhiều đến tài nguyên sinh vật trong khu vực, gây ra suy thoái và xáo trộn sinh cảnh nghiêm trọng. Các loài cây gỗ quý hiếm, cây mẹ gieo giống là những đối tượng của nạn khai thác gỗ trái phép. Khai thác gỗ trái phép ảnh hưởng rất lớn đến mùa ra hoa, kết trái của cây rừng và mùa làm tổ của các loài chim, các loài động vật rừng khác. Nhiều loài thực vật có tầm quan trọng quốc tế như: Gõ đỏ, Gõ mật, Cẩm Lai, Dầu song nàng, Sao đen, Dầu rái, … là những đối tượng chính của bọn lâm tặc. Thêm vào đó là hoạt động lấy gỗ làm củi đốt. Hiện nay, ở một số nơi, củi và than củi vẫn là chất đốt chính trong gia đình và các bếp đun đang đốt khoảng 1/4 số diện tích rừng bị tàn phá hàng năm.