Quá trình thanh trùng bằng hơi trong nồi áp suất kiểu đứng được thực hiện như sau: Hộp được xếp vào giỏ thưa rồi cho vào nồi, đóng nắp kín. Hơi được cung cấp cho nồi từ phía dưới, phần hơi đầu có tác dụng chính là đuổi không khí khỏi nồi. Hỗn hợp hơi và không khí thoát ra ngoài bằng cách mở van xả khí ở nắp. Thời gian xả khí kéo dài khoảng 5 – 10 phút cho tới khi có tia nước phụt ra khỏi thiết bị. Sau đó đóng van xả khí lại, hơi tiếp tục được cung cấp cho nồi để nâng nhiệt các hộp thực phẩm. Thời gian nâng nhiệt tuân theo công thức thanh trùng quy định cho sản phẩm, lúc này van hơi phải mở to. Nhiệt độ thiết bị trong quá trình giữ nhiệt phải giữ ổn định không đôi bằng cách vặn bớt van hơi lại.
Trong suốt quá trình thanh trùng, luôn phải kiểm tra nhiệt độ và áp suất trong thiết bị, hai thông số náy có liên hệ tương ứng vì không khí đã đuổi ra hoàn toàn từ đầu. Nếu nhiệt kế chỉ đúng nhiệt độ quy định nhưng áp kế lại chỉ cao hơn áp suất tương ứng với nhiệt độ ấy thì nghĩa là trong thiết bị thanh trùng vẫn còn sót không khí, phải mở van xả khí ra. Nếu nhiệt kế chỉ nhiệt độ cao hơn nhiệt độ tương ứng với áp suất do áp kế chỉ thì nguyên nhân sai lệch có thể do một trong hai dụng cụ này không chính xác, phải kiểm tra lạu hoạt động của chúng.
Sau khi kết thúc thời gian giữ nhiệt theo đúng công thức thanh trùng, bắt đầu tới giai đoạn làm nguội. Van hơi được đóng lại, mở từ từ van xả khí ở nắp hoặc van ở ống chảy tràn. Hơi thoát ra khỏi thiết bị làm áp suất và nhiệt độ trong thiết bị giảm dần tới khi bằng áp suất khí quyển. Việc xả hơi nhất định phải thực hiện từ từ, nếu thực hiện đột ngột thì áp suất chênh lệch giữa hộp và thiết bị lớn sẽ làm cho họp bị căng phồng, có thể biến dạng không đàn hồi hay nứt vỡ mí ghép.