Séc bảo chi có ưu thế là rủi ro trong thanh toán thấp vì có sự đảm bảo trực tiếp trong thanh toán của ngân hàng, do đó nó được nhiều thành phần kinh tế ưa chuộng và hay sử dụng.
Khi có nhu cầu mua hàng bằng Séc bảo chi, khách hàng tự viết séc và 02 liên giấy yêu câu bảo chi séc và đem đến ngân hàng làm thủ tục bảo chi ở mặt trước tờ séc, đồng thời ngân hàng trích tài khoản của khách hàng lưu ký vào tiền gửi đảm bảo thanh toán Séc bảo chi. Như vậy so với Séc chuyển khoản, thủ tục phát hành Séc bảo chi phức tạp hơn, nhưng độ an toàn trong thanh toán chắc chắn hơn.
Mặt khác, đối với Séc bảo chi thanh toán trong cùng hệ thống ngân hàng được ghi Có ngay người thụ hưởng. Còn Séc bảo chi được sử dụng để thanh toán ngoài hệ thống nhưng cùng địa bàn thì ngân hàng ghi Nợ - Có đồng thời trong phiên thanh toán bù trừ. Điều này rất tiện cho người bán vì chỉ sau 1 - 2 ngày kể từ khi nộp séc vào ngân hàng phục vụ, tiền sẽ về tài khoản của mình, họ không lo bị chiếm dụng vốn trong thanh toán.
Tuy nhiên, Séc bảo chi cũng có những nhược điểm nhất định liên quan đến phạm vi thanh toán séc. Cụ thể: Séc bảo chi không thể dùng được trong thanh toán khác địa phương, khác hệ thống, do đó không đáp ứng được nhu cầu thanh toán ngày càng mở rộng.
ngân hàng phải tính ký hiệu mật. Công việc này cũng được thực hiện bằng tay nên dễ sảy ra sai sót, nhầm lẫn, như vậy gây chậm chễ trong thanh toán, thiệt thòi cho người bán khi ngân hàng phải điện tra soát nhau mỗi khi xảy ra sai lầm ký hiệu mật trên tờ séc.