Giám sát hệ thống xử lý nước thải bao gồm hai khía cạnh riêng biệt: - Giám sát hoạt động của hệ thống;
- Giám sát chất lượng nước thải sau xử lý.
Một vấn đề thường không được chú ý trong suốt quá trình hoạt động của hệ thống xử lý nước thải là việc quản lý để tránh thất thoát nước thải trong quá trình thu gom. Lượng nước thải tổn thất từ 10 -30% là thường xuyên xảy ra khi rò rỉ, vỡ trên đường ống thu gom, đặc biệt các điểm khớp nối ống thu gom. Giám sát hệ thống xử lý nước thải thông qua việc lắp đặt đồng hồ đo lưu lượng là rất cần thiết. Thường xuyên theo dõi lưu lượng nước thải sau xử lý và so sánh với lượng nước tiêu thụ nhằm phát hiện và xử lý kịp thời sự cố của hệ thống thu gom, xử lý nước thải.
Để giám sát chất lượng nước thải tại các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh, các chỉ tiêu cần quan trắc tuân thủ theo QCVN 28:2010/BTNMT (đối với các cơ sở y tế không có khoa y học hạt nhân, không cần giám sát các chỉ tiêu tổng hoạt độ α và ß). Các cơ sở sản xuất thuốc tuân thủ theo QCVN 40: 2011/BTNMT (chi tiết các chỉ tiêu cần quan trắc xem Phụ lục 1, trên cơ sở yêu cầu các chỉ tiêu quan trắc theo Quyết định phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường (ĐTM) hoặc xác nhận cam kết bảo vệ môi trường hoặc quyết định phê duyệt Đề án bảo vệ môi trường). Quy trình, thủ tục quan trắc tác động môi trường tại các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh tuân thủ theo qui định tại Thông tư số 31/2013/TT-BYT ngày 15/10/2013 của Bộ Y tế. Đối với các cơ sở y tế không thuộc khối khám bệnh, chữa bệnh, qui định quan trắc môi trường theo Quyết định phê duyệt ĐTM hoặc xác nhận cam kết bảo vệ môi trường hoặc quyết định phê duyệt Đề án bảo vệ môi trường.