Sản phẩm PCR thu được sẽ đem đi điện di để quan sát hình dạng, kích thước đoạn gen. Điện di là hiện tượng dịch chuyển của các phân tử mang điện tích dưới tác động của điện trường. Kỹ thuật này sử dụng dung dịch đệm TBE để dẫn điện và tạo điện trường đều, một bản gel (thường là agarose hay polyacrylamide) đóng vai trò là thể nền để phân tách các phân tử và các chất nhuộm khác nhau (ethidium bromide, bạc, xanh Coomassie) để phát hiện vị
trí các phân tử trên gel sau khi điện di. Kỹ thuật điện di hoạt động nhờ vào lực kéo của điện trường tác động vào các phân tử tích điện và kích thước lỗ của gel. Với gen fimH, quá trình điện di được tiến hành các bước như sau:
- Đổ gel agarose 1,5%.
+ Hòa tan 0,375g bột agarose trong 25ml TBE 1X
+ Đun hỗn hợp bằng lò vi sóng đến khi thành dung dịch đồng nhất. + Đổ gel vào khay điện di đã có sẵn lược để tạo giếng.
+ Để gel đông đặc hoàn toàn trong 40-60 phút.
+ Cho bản gel vào bể điện di đã có sẵn dung dịch TBE 1X. - Tra mẫu điện di:
+ Tra 3µl Marker vào 1 giếng.
+ Tra 3 µl sản phẩm PCR lần lượt vào các giếng còn lại.
- Chạy điện di: Tiến hành điện di ở hiệu điện thế 90V trong 30 phút. - Nhuộm bản gel điện di:
+ Ngâm bản gel đã điện di vào dung dịch Ethidium Bromide 5mg/ml trong vòng 5-7 phút.
+ Rửa bản gel bằng nước để loại bỏ Ethidium Bromide dư thừa cũng như cặn bẩn.
- Chụp ảnh gel: Bản gel sau khi nhuộm với Ethidium Bromide được soi bằng tia tử ngoại. Quan sát các băng DNA xuất hiện trên bản gel và thực hiện chụp lưu giữ kết quả.