Bên cạnh những kết quả đã được thì công tác kiểm soát chi thường xuyên ngân sách xã qua KBNN Quảng Bình còn gặp phải những hạn chế sau:
Thứ nhất, Hệ thống các văn bản liên quan đến công tác KSC
NSNN nói chung và NSX nói riêng còn nhiều vấn đề bất cấp, thiếu và chưa đồng bộ. Việc ban hành các văn bản hướng dẫn thực hiện thường có sự chậm trễ, nên trong công tác điều hành ngân sách cũng như công tác kiểm soát của KBNN gặp nhiều khó khăn.
Thứ hai, UBND tỉnh Quảng Bình không giao khoán biên chế
và kinh phí hoạt động cho các xã, phường, thị trấn cho nên cơ chế kiểm soát đối với các đơn vị cấp chỉ là đơn vị dự toán và thực hiện các chế độ định mức do nhà nước quy định.
Thứ ba, còn xảy ra tình trạng các đơn vị không chấp hành nghiêm thời gian thanh toán tạm ứng dẫn đến tình trạng sử dụng tiền ngân sách không hiệu quả, sử dụng vào mục đích khác không đúng.
Thứ tư, việc chấp hành thanh toán không dùng tiền mặt vẫn
chưa nghiêm, trong 159 xã phường thị trấn thì chỉ mới được 30% đơn vị thực hiện thanh toán lương qua thẻ ATM, còn lại vẫn thực hiện thanh toán bằng tiền mặt.
Thứ năm, việc kiểm soát chi thường xuyên ngân sách xã đối
với mua sắm tài sản như hiện nay còn dẫn đến thất thoát NSNN và sử dụng không hiệu quả tài sản.
Thứ sáu, còn xảy ra tình trạng cán bộ kiểm soát chi thực hiện
chưa đúng quy trình giao dịch.
Thứ bảy, việc thực hiện hạch toán theo mục lục ngân sách
đối với ngân sách xã còn khá phức tạp. Tình trạng hạch toán sai mục lục ngân sách diễn ra thường xuyên, liên tục.
Thứ tám, Khi KBNN thực hiện quy trình thống nhất đầu mối
kiểm soát chi thì quy trình luân chuyển chứng từ nội bộ tăng lên giữa kiểm soát chi và kế toán, làm cho người dùng thao tác trên TABMIS cùng một lúc tăng vọt.
Thứ chín, công tác xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực KBNN đối với KBNN Quảng Bình thực hiện chưa triệt để, đang còn tuyền truyền, phổ biến, hướng dẫn là chủ yếu chưa mạnh tay xử phạt các lỗi vi phạm.
Thứ mười, công tác thanh tra chuyên ngành KBNN đối với
cấp xã chưa được thực hiện.