Đối với bất kỳ một hệ truyền động điện nào, việc bảo vệ hệ thống khi gặp sự cố do nguyên nhân khách quan và chủ quan là rất quan trọng. Việc này ảnh hưởng tới chất lượng hệ thống, tuổi thọ thiết bị và sự an toàn của toàn hệ thống bơm và các hệ thống khác.
Đối với hệ thống điều khiển nhiều bơm về cơ bản phải có các bảo vệ sau: Bảo vệ mất nước ở đầu hút (bể hút, sông hồ…), việc này được thực hiện nhờ các cảm biến mức được đặt ngay trong bể hút, với hệ thống bơm chất lỏng là nước thì thiết bị hay dùng là phao điện. Tại một số hệ thống ngưới ta dùng rơ le dòng để phát hiện hết nước ở bể hút vì khi đó các bơm làm việc chế độ không tải nên dòng điện nhỏ. Các tín hiệu này gủi về trực tiếp PLC để đưa ra lệnh ngừng bơm.
Bảo vệ (và điều khiển) đầy nước ở bể chứa thường gặp tại các hệ thống bơm công nghiệp. Việc gửi thông tin này về PLC được thực hiện nhờ cảm biến mức đặt tại bể chứa, hoặc phao điện ở hệ thống bơm chất lỏng là nước. Cảm biến này thực hiện cả việc gửi thông tin để khởi động bơm, chọn số lượng bơm.
Bảo vệ quá áp suất tại các đường ống hút và đẩy. Thiết bị này là đồng hồ áp suất được gắn trực tiếp tại các đường ống cần đo. Nếu đường ống bị quá áp suất chúng gủi tín hiệu về PLC yêu cầu dừng bơm.
Ở hệ thống bơm hiện đại dùng nhiều bơm còn có hệ thống bảo vệ thứ tự pha cấp vào động cơ kéo bơm, việc này tránh một trong các bơm sau khi được sửa chữa thay thế có chiều công tác quay ngược.
Tại mạch động lực cấp điện cho các động cơ kéo bơm thường phải có các khí cụ bảo vệ, đóng cắt sau:
Áptômát (cầu dao tự động) hoặc bộ cầu dao + cầu chì: Để bảo vệ ngắn mạch, quá tải (mức 2 sau rơle nhiệt) mạch động lực và mạch điều khiển.
Rơle nhiệt: Bảo vệ quá tải động cơ kéo bơm.
Trên đây là một số yêu cầu điều khiển và bảo vệ của một hệ thống nhiều bơm phải có. Tuy nhiên ở một số bơm lớn thì các yêu cầu bảo vệ và điều khiển thêm một số yêu cầu cao hơn như: ngoài hai chế độ điều khiển trên là manual và automatic còn chế độ điều khiển từ xa remote, yêu cầu bảo vệ mất pha…