Bên cạnh những ưu điểm công tác kế toán của Công ty vẫn còn những hạn chế nhất định mà nguyên nhân bao gồm cả yếu tố khách quan và chủ quan.
Để sản xuất ra sản phẩm Công ty TNHH Thương mại Vạn Đức phải sử dụng một khối lượng lớn nguyên vật liệu bao gồm nhiều loại với mỗi loại NVL lại có tính chất khác nhau tuy nhiên việc phân loại có chỗ còn chưa thật hợp lý như Công ty chưa lập sổ danh điểm vật liệu và sắp xếp các loại NVL, CCDC theo thứ tự gây khó khăn cho việc kiểm tra đối chiếu thẻ kho, sổ chi tiết vật liệu và sổ kế toán chi tiêt, tổng hợp.
- Về hình thức kế toán tổng hợp:
Việc áp dụng hình thức chứng từ ghi sổ bên cạnh những ưu điểm còn có các nhược điểm như việc ghi chép còn trùng lặp, việc kiểm tra đối chiếu còn chậm, ảnh hưởng đến tính kịp thời của kế toán, mặt khác việc áp dụng hình thức chứng từ ghi sổ sẽ khiến cho khối lượng công việc kế toán rất lớn, trong xu thế ngày càng phát triển và sản xuất được mở rộng hình thức này sẽ dần trở nên không thích hợp
- Về việc tin học hóa công tác kế toán:
Hiện nay Công ty đã đưa máy tính vào nhằm phục vụ cho công tác kế toán tuy nhiên hiệu quả chưa cao mà nguyên nhân là Công ty đang áp dụng hình thức chứng từ ghi sổ, đối với hình thức này khi áp dụng máy tính vào hạch toán là khó khăn và phức tạp hơn.
- Về môi trường kiểm soát:
Hệ thống kiểm soát đối với bộ máy quản lý còn lỏng lẻo, và mang tính chất hình thức. Nguyên liệu đầu vào của Công ty chủ yếu là các sản phẩm nông nghiệp nên tính ổn định của nguồn cung không cao, Công ty sẽ gặp rủi ro nếu xảy ra tình trạng mất mùa, do đó rủi ro tiềm tàng của Công ty là cao.
Bộ máy tổ chức quản lý của Công ty nhìn chung là hợp lý tuy nhiên vẫn mang tư duy truyền thống, phòng kinh doanh chưa có mảng nghiên cứu và chăm sóc khách hàng một cách chuyên sâu, cụ thể website chính thức của Công ty còn khá sơ sài chủ yếu là giới thiệu sản phẩm mà chưa tạo được cầu nối giữa doanh nghiệp và khách hàng. Đồng
thời việc tổ chức bộ máy như vậy sẽ gây khó khăn trong việc kiểm soát các hoạt động của các phòng ban chức năng của ban giám đốc.
Mặt khác tư duy của ban giám đốc chưa có nhiều đột phá trong việc khẳng định và xây dựng thương hiệu của sản phẩm và Công ty trong mắt người tiêu dùng thật sự khác biệt so với những thương hiệu khác trên thị trường.
- Về các thủ tục kiểm soát:
Các thủ tục kiểm soát nhìn chung chưa thật chặt chẽ, tạo ra nhiều kẽ hở cho các sai phạm xảy ra như việc kiểm tra và phê duyệt các chứng từ kế toán, tài liệu kế toán vẫn được thực hiện khi không có đủ các chữ ký của các bên có liên quan. Việc kiểm tra đối chiếu giữa sổ kế toán tổng hợp và sổ kế toán chi tiết đôi khi không được thường xuyên...