Trong quá trình tổ chức thực hiện quyền thanh tra phát sinh nhiều vấn đề liên quan hoặc thuộc thẩm quyền của cơ quan, tổ chức khác đòi hỏi phải có sự cộng tác, phối hợp thì mới giải quyết tốt và nhanh chóng được. Thực tế cho thấy tại nơi nào cơ quan thanh tra phối hợp chặt chẽ với các cơ quan quản lý và được Thủ trưởng cơ quan quan tâm thì kết quả thanh tra tốt. Vì vậy, trong quá trình tổ chức thực hiện thanh tra Đoàn thanh tra hoặc Thanh tra viên phải là người chủ động nắm bắt tình hình, tìm hiểu thực tế để xác định cơ quan nào cần phối hợp.
Để làm tốt chức năng nhiệm vụ của mình Thanh tra Cục cần phối hợp chặt chẽ với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Công an, Bộ Quốc phòng (Bộ đội Biên phòng và Cảnh sát biển) Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố, thị xã....Trong việc tăng cường
kiểm tra, kiểm soát, bắt gữi và xử lý các đối tượng vi phạm bảo vệ nguồn lợi thủy sản.
6. Tổ chức xây dựng lực lượng làm công tác thanh tra
Yêu cầu cần thiết và cấp bách hiện nay là phải nhanh chóng xây dựng lại hệ thống lực lượng làm công tác kiểm tra, giám sát theo hướng chính quy, chuyên nghiệp, hiện đại, độc lập, chuyên trách với những quyền hạn rộng lớn hơn, cơ sở vật chất, kỹ thuật được đầu tư thích đáng để đấu tranh trấn áp có hiệu quả các hoạt động khai thác thủy sản trái phép, bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của ngư dân, và có hành động cần thiết đối với các vi phạm của tàu cá nước ngoài.
Cần có sự điều chỉnh kịp thời về hoạt động thanh tra, kiểm tra, giám sát chuyên ngành, đi vào trọng tâm, trọng điểm, hướng đến những vấn đề có nhiều bức xúc để phù hợp với tình hình thực tế của ngành thủy sản hiện nay. Qua đó, thể hiện được tính hiệu quả vượt trội và vai trò quan trọng của thệ thống thanh tra chuyên ngành khai thác và bảo vệ nguồn lợi thủy sản.