QSAR hiện nay đang là một kỹ thuật được ứng dụng trong rất nhiều các lĩnh vực như dược phẩm, y học, hóa học… Kỹ thuật này sử dụng các TSPT, các kỹ thuật xác suất thống kê và trí tuệ nhân tạo để xây dựng các mô hình. Mô hình xây dựng bằng phương pháp hồi quy đa biến tuyến tính, lựa chọn tham số phân tử bằng giải thuật di truyền. Phương pháp này gi p tối ưu hóa mô hình nhằm tìm ra mô hình biểu thị tốt nhất mối quan hệ giữa biến đáp ứng là các tham số phân tử.
Mô hình QSAR xây dựng được gồm 6 TSPT 2D. Tham số 2D mô tả cấu tr c dưới dạng hình học topo, cho phép xác định chính xác thứ tự, vị trí của nguyên tố hay mảnh cấu trúc trong phân tử. Mô tả phân tử 2D không cần tới các thông tin về cấu trúc 3D của phân tử, có tính ổn định cao hơn do các hợp chất được mô tả dưới dạng 3D thường có độ linh động về cấu dạng. Tuy nhiên, do không kết hợp phương pháp protein docking trong xây dựng mô hình QSAR nên không thu được thông tin cấu dạng, không xác định được cơ chế tương tác giữa các chất và enzyme HDAC2.
Bên cạnh đó xây dựng mô hình QSAR còn môt số hạn chế như CSDL thu thập được từ 6 bài báo khác nhau, do đó có thể gặp sai số trong xây dựng
mô hình QSAR; việc giải thích các biến TSPT đôi khi gặp phải khó khăn vì cơ chế của chúng phức tạp đòi hỏi những hiểu biết chuyên sâu về hóa lượng tử; bên cạnh đó chưa có nhiều tài liệu tham khảo, do đó chưa đủ cơ sở để giải thích.