Áp dụng phương pháp Docking 34/1376 hợp chất trong CSDL với trung tâm hoạt động của enzym tyrosinase được kết quả là danh sách các cấu dạng liên kết và năng lượng liên kết được trình bày cụ thể trong Phụ lục 5.
Hình 11: Phân bố năng lượng liên kết với trung tâm hoạt động của enzym
0 2 4 6 8 10 12 14 Steroid Stigmastane Naphthalen Ergostane steroid Sesterterpenoid Terpene lacton Stigmastan Flavonoid Triterpenoid -9 -8 -7 -6 -5 -4 -3 -2 -1 0 dG
22
Phân tích kết quả Docking, tất cả 34 hợp chất đều có khả năng chui vào túi enzym của trung tâm hoạt động (tất cả đều có năng lượng liên kết âm với đích, từ - 8,7921 đến -3,8160 Kcal/mol) nhưng chỉ có 21/34 hợp chất có khả năng liên kết với ion Cu2+ nằm tại đáy túi trung tâm hoạt động của tyrosinase (Bảng 2). Trong đó, 13 hợp chất liên kết với cả 2 ion đồng của trung tâm hoạt động, 8 hợp chất được dự đoán là có khả năng liên kết với 1 ion đồng của trung tâm hoạt động, còn lại 13 hợp chất không tạo được liên kết phối trí với ion đồng và được dự đoán là không có khả năng ức chế tyrosinase (Hình 11).
Bảng 2: Ái lực liên kết với đích của 21 hợp chất được dự đoán là có khả năng ức chế tyrosinase
No Số đăng ký Hợp chất ΔG(Kcal/mol)
1 VNPD_ID46 Acid (24E)-3-oxo-lanosta-8,24-dien-26-
oic -5,3657
2 VNPD_ID184 Acid 20(R),24(E)-3-oxo-9β-lanosta-
7,24-dien-26-oic -5,8818 3 VNPD_ID395 6β-hydroxystigmast-4-en-3-on -6,3335 4 VNPD_ID577 Citrostadienol acetat -6,4105 5 VNPD_ID722 Epigallocatechin -8,6404 6 VNPD_ID723 Epigallocatechingallat -8,5137 7 VNPD_ID725 Ergosta-4,6,8(14),22-tetraen-3-on -5,7037 8 VNPD_ID889 Kaempferol -8,5998 9 VNPD_ID894 Kaempferol 3-O-β-D-glucopyranosid -8,7538 10 VNPD_ID921 Leoheteronin -5,4323 11 VNPD_ID922 Leoheteronin A -6,2830 12 VNPD_ID923 Leoheteronin B -5,3499 13 VNPD_ID929 Luteolin -8,7921 14 VNPD_ID940 Lup-20(29)-en-3β-yl acetat -5,8188 15 VNPD_ID1023 Neosarmentol III -3,8160 16 VNPD_ID1157 Quercetin -7,7230 17 VNPD_ID1166 Quercetin 3-O-α-L-rhamnopyranosid -8,1534 18 VNPD_ID1256 Stigmast-4-en-3-on -5,6756 19 VNPD_ID1257 Stigmasta-4-en-3,6-dion -6,3540 20 VNPD_ID1286 Taraxeryl acetat -5,4154 21 VNPD_ID1365 α-spinasteron -5,2966
23