Thực ra việc sản xuất protein trong thực vật dễ dàng, nhưng tinh sạch protein này từ mô thực vật là khó khăn và trước hết là giá thành cao. Vì vậy, người ta hy vọng vào
một phương pháp mới, được giới thiệu bởi Raskin và cs (1999). Những gen mã hóa cho protein được gắn với một promoter và đảm bảo cho protein chỉ được tổng hợp ở rễ. Tiếp theo protein tạo thành có một hệ thống tín hiệu, đảm bảo cho nó được vận chuyển vào một vị trí xác định trong tế bào. Trong trường hợp đặc biệt protein được vận chuyển vào mạng lưới nội chất (endoplasmatic reticulum: ER).
Protein đi vào ER có thể được thải ra bên ngoài và chỉ ở vùng rễ, vì promoter chỉ đặc hiệu cho vùng này. Người ta dùng một số dung dịch muối để tách protein một cách dễ dàng và với giá thành hợp lý.
Một ví dụ điển hình của hướng ứng dụng này: Người ta đã tạo ra được hai loại thuốc lá chuyển gen, mỗi loại có khả năng sản xuất một trong hai mạch immunoglobin nhẹ và nặng. Thế hệ con sinh ra từ sự lai hai loại cây trên biểu hiện được một kháng thể hoạt động gồm hai loại mạch với hàm lượng cao (1,3% tổng protein của lá) và có tất cả các đặc tính của một kháng thể đơn dòng sản sinh từ hybridoma. Thaumatin là những protein được chiết xuất từ thịt quả của cây Thaumatococus danielle, có độ ngọt gấp 1.000 lần đường saccharose. Người ta đã thành công trong việc chuyển một gen mã hóa cho thaumatin (thaumatin II) vào cây khoai tây, tạo một cây khoai tây có lá, thân rễ, củ đều ngọt. Kết quả này mở ra một triển vọng rất lớn đối với cây ăn quả ngọt.