Quần thể thắng cảnh Hương Sơn đã được nhà nước xếp hạng di tích lịch sử - văn hoá và đang đề nghị tổ chức quốc tế công nhận là di sản văn hoá thế giới. Thế nhưng, lễ hội Chùa Hương cũng lắm nỗi phiền hà cho người đi hội, cũng là mối quan tâm của vài chục tờ báo trong nhiều năm. Đặc biệt là từ năm 1997 đến năm 2002, với khoảng 500 bài phê phán xung quanh vấn đề quản lý, tổ chức. Theo lời của cố vị sư trụ trì Chùa Hương - Thượng toạ Thích Viên Thành trong buổi họp báo Xuân hội Chùa Hương năm 1998 khi “bên cạnh vẻ trang nghiêm nơi Phật đài hùng vĩ của núi rừng, tú lệ của danh lam cũng không thể tránh khỏi những nhược điểm chủ quan và khách quan gây ảnh hưởng nhiều đến truyền thống tốt đẹp của lễ hội cổ truyền, đó là những tư tưởng thương mại hoá, kinh doanh khai phá bừa bãi, mở mang tuỳ tiện nơi thờ cúng, nhân viên phục vụ chưa làm tròn bổn phận khiến cho các thảy tin đại chúng và báo chi nhiều lần lên tiếng, người đi trẩy hội có nhiều ý kiến kêu ca và dấy lên hồi chuông báo động”.
Biểu hiện tiêu cực nhất hay vấn đề thương mại hoá lễ hội ở Hà Tây phải kể đến việc “Chùa giả, động giả, sư giả” tình trạng này kéo
dài trong nhiều năm từ năm 1960 và phát triển dữ dội từ năm 1995 - 2001. Đến 12/2001 các cấp ban ngành từ trung ương tới địa phương mới thu hồi, giải toả triệt để 40 điểm xây dựng trái phép.
Ngay từ 3/1995 trong bài ký sự của Dương Minh Đức đăng trên báo Văn hoá đã viết : “Giờ đây cả quần thể Hương Sơn đang rùng mình trong cơn sốt kiếm chác. Dân địa phương thấy thắng cảnh là món kinh doanh béo bở đã dồn hết tâm lực vào khai thác. Sau sự kiện phát hiện động Đại Binh Trang động là phật hay giả chỉ biết sau đó việc đào bới tìm động trở thành dịch sốt. Gia đình ông Đạo Đen đã đầu tư gần 200 triệu thuê nhân công phá núi khai động ngay cạnh chủa Giải Oan nay thành Phật Tích Bảo Động. Hay việc ông Ba Lùng đã khai phá sở hữu Hương Quang Bảo Động nằm trên đường lên Hĩnh Bồng. Các chủ động ban đêm lén lút chuyển tượng về không thông qua công ty quản lý thắng cảnh nhằm tự hoàn thiện mình trước con mắt tín ngưỡng của du khách. Bôi bác hơn nữa là trường hợp ông Ngô Minh Nhu trước dựng canh chòi lá canh vườn trên đường lên động Hương Tích, đến nay nghiễm nhiên biến thành động cô chín với tấm ảnh và nhom nhem vài lời giải thích nôm na mấy tiếng chầu văn í eo làm phương tiện lôi kéo khách vào động lễ. Oái ăm hơn nhà ông Tiến Đương trước dựng lều làm vườn trên đường lên Hĩnh Bồng nay chuyển thành đền Sơn Thần với mấy con rồng tự đắp mà chẳng ai nhận ra là con gì. Ông kéo nài khách đặt lễ, ông khấn, ông tung tiền gieo quẻ âm dương. Miếu của ông nhờ ai đó viết đôi câu đối bằng Hán tự mà ông phải tạm dịch nguyệch ngoạc bên cạnh không quên”. Kết thúc bài viết, Dương Minh Đức phải thốt lên “Giả dụ cụ Nguyễn Nhược Pháp mà còn sống giờ đây cụ khoảng bẩy lăm bẩy sáu tuổi gì đó, cụ có định đi lễ Chùa Hương một lần cuối đời để tìm lại kỷ niệm xưa thì chẳng biết có đủ tiền mua vé
thắng cảnh không. Điều chắc chắn cụ sẽ buồn lòng trước sự kinh doanh thần thánh, lợi dụng tín ngưỡng kiếm tiền ở Hương Sơn bây giờ. Vâng ! Thưa cụ nỗi buồn của cụ cũng chính là nỗi buồn của hàng triệu đồng bào ta đây ạ”.
Trong bài điều tra nhiều kỳ “Chùa Hương mùa lễ hội - Ai chịu trách nhiệm ở Chùa Hương” của Phạm Nam Giang - Xuân Dũng đăng trên báo Văn hoá số ra ngày 26-2-1997 đã lên tiếng: “Huyện Mỹ Đức quản lý danh thắng Hương Sơn bằng cách chỉ đạo trực tiếp in vé thắng cảnh và bán vé thu tiền trong 3 tháng hội. Tệ hại hơn, Ưỷ bán nhân dân huyện Mỹ Đức gần như khoán trắng cho Uỷ ban nhân dân xã Hương Sơn toàn quyền quyết định “vận mệnh” của quần thể di tích này.
Đây chính là nguyên nhân dẫn tới việc các thôn chia nhau cát cứ từng di tích. Thôn Yến Vĩ chiếm đền Trình, thôn Suối Yến phá di tích đi xây lại không cần quy hoạch, không cần hỏi ý kiến ngành văn hoá là cơ quan chức năng trực tiếp quản lý di tích. Đền Trình Tuyết Sơn cũng được tư nhân phá đi xây lại, cũng không cần hỏi ý kiến ban ngành nào, miễn là hàng tháng hàng năm nộp đủ tiền khoán cho xã Hương Sơn. Đó là chưa kể tới ngót ba chục điểm tư nhân phá núi mở rộng, xây miếu đưa tượng vào thờ để kiếm tiền trong dịp lễ hội, vẫn ngang nhiên tồn tại và hàng tháng chủ động, chủ đền vẫn phải nộp thuế cho xã Hương Sơn”.
Mùa lễ hội năm 1997, Sở Văn hoá Thông tin Hà Tây đã ra quyết định đóng cửa toàn bộ các điểm di tích do tư nhân dựng lên trái phép và cấm không được khai thác vì các điểm này đã lợi dụng tín ngưỡng để kinh doanh bất hợp pháp. Xong trong thực tế, những quyết định của ngành văn hoá thông tin Hà Tây, cơ quan quản lý nhà
nước về lĩnh vực này bị vô hiệu hoá vì uỷ bản nhân dân Mỹ Đức và Ưỷ ban nhân dân xã Hương Sơn làm ngơ hoặc xử lý qua loa, chiếu lệ còn thực chất là vẫn cho phép, có khi hợp pháp hoá và vẫn thu tiền