Một số Chi ủy, Chi bộ chưa quan tâm đúng mức đến công tác quần chúng, chưa chú ý đầu tư xây dựng tổ chức chi đoàn toàn diện. Nhận thức về tổ chức Đoàn chưa đầy đủ nên có lúc, có nơi còn buông lỏng sự lãnh đạo với đoàn viên thanh niên và Hội Liên hiệp thanh niên. Việc đầu tư cho Đoàn, Hội còn chưa
tương xứng, kinh phí để hoạt động còn hạn hẹp. Một số đảng viên xa rời quần chúng đặc biệt là xa rời thanh niên nên không tạo được sự gần gũi, sự thân thiện với thanh niên. Kỹ năng nghiệp vụ của đội ngũ cán bộ Đoàn còn hạn chế, đặc biệt là cấp chi đoàn thường xuyên biến động nên công tác còn gặp nhiều khó khăn.
Tổ chức Đoàn là môi trường giáo dục cho thế hệ trẻ trở thành những người chủ tương lai của nước nhà. Do đó Đoàn có nhiệm vụ giáo dục cộng sản cho thanh niên, đó chính là Chủ nghĩa Mác_Lênin và Tư tưởng Hồ Chí Minh, làm cho thanh niên hiểu được tiến trình của xã hội loài người và tính tất yếu của chủ nghĩa xã hội, hiểu được vai trò của Đảng Cộng sản Việt Nam gắn liền với cuộc đấu tranh giành độc lập thống nhất đất nước trong suốt thời gian qua, đồng thời làm cho thế hệ thanh niên hiểu rõ vai trò của mình đối với xã hội. Tuy nhiên nội dung giáo dục của Đoàn còn cứng nhắc, chưa phù hợp với tính thực tiễn và chưa thực sự có chiều sâu để lôi cuốn thu hút thanh niên.
Công tác cán bộ Đoàn chậm được đổi mới, chưa có giải pháp đồng bộ, mang tính chiến lược để tạo nguồn, lựa chon cán bộ đoàn, tính nhạy bén sáng tạo của một số cán bộ đoàn chưa cao, việc vận dụng và tổ chức thực hiện chương trình công tác của Đoàn ở một số chi đoàn còn hạn chế, lúng túng, thụ động, công tác tham mưu xây dựng chính sách thanh niên và vận hành cơ chế chưa tập trung cao, việc tổng kết nhân rộng các mô hình chưa được tiến hành thường xuyên, việc quan tâm tạo cơ chế, điều kiện cho hoạt động của chi đoàn con hạn chế.