Phần mềm Quantity One có thể định lƣợng và phân tích nhiều dữ liệu sinh học khác nhau, bao gồm các mẫu phóng xạ, nhuộm huỳnh quang và gel điện di. Phần mềm này có thể định lƣợng tƣơng đối protein thực sự có trong tế bào thông qua tƣơng quan độ đậm của các vạch protein hiện diện trên bản điện di từ mẫu dung dịch tế bào bị phá màng. Công cụ này cũng có thể tính cả các giếng và vạch có hình dạng không rõ ràng bằng cách điều chỉnh dọc theo chiều dài của chúng thông qua công cụ Volume.
Phần mềm Quantity One sẽ biến các tín hiệu từ các mẫu sinh học thành các dữ liệu số nhờ các công cụ hỗ trợ là ánh sáng hay các chất phóng xạ, các dữ liệu số này đƣợc hiển thị thành các thang màu xám trên máy tính. Một dữ liệu số khi đƣợc trình bày trên màn hình sẽ là một tổng thể của nhiều pixel nhỏ riêng lẻ. Mỗi pixel đƣợc cộng gộp từ 3 giá trị X,Y,Z, trong đó X,Y ứng với chiều ngang và chiều dọc mẫu ảnh, còn giá trị Z là cƣờng độ tín hiệu của pixel. Để có thể thấy và xác định đƣợc một dữ liệu, thì cƣờng độ các cụm pixel của nó phải cao hơn cƣờng độ pixel hình thành nên background của ảnh. Cƣờng độ tổng của một dữ liệu là cộng gộp của tất cả các cƣờng độ của pixel hình thành nên vật thể. Nghĩa là nếu cƣờng độ tổng càng cao thì nồng độ protein càng cao[27].
- Mẫu điện di SDS-PAGE đƣợc scan để lƣu giữ dƣới dạng file ảnh. Sau đó file ảnh này đƣợc sử dụng để phân tích bằng phần mềm Quantity One, tiện ích Band Analysis. Các bƣớc thực hiện nhƣ sau:
Vật liệu – Phương pháp
- Mở file mục tiêu.
- Chọn chức năng Transform, Auto-scale để tối ƣu hóa hình ảnh. - Xác định vùng gel cần phân tích bằng chức năng Frame-lane.
- Trong vùng phân tích, chọn một giếng và chọn chức năng Lane-Background để xác định background của hình ảnh.
- Phát hiện các vạch protein trong các giếng bằng chức năng Detect Band.
- Cuối cùng sử dụng chức năng Band Attribute/Relative Quantity để xác định tỉ lệ từng vạch protein so với tổng protein trong mỗi giếng.