Quản lý xác thực và phiên truy cập bao gồm tất cả các yếu tố quản lý xác thực người sử dụng và các phiên truy cập. Xác thực người dùng là một yếu tố quan trọng trong quy trình này, nhưng ngay cả những cơ chế xác thực mạnh nhất vẫn có thể bị mắc những lỗi liên quan đến các chức năng quản lý xác thực, bao gồm thay đổi password, quên password, nhớ password ở trình duyệt, cập nhật tài khoản, và những hàm chức năng khác.
Xác thực người dùng trên ứng dụng web thường bao gồm sử dụng một username và password. Những phương pháp xác thực khác mạnh hơn bao gồm các giải pháp phần cứng hoặc mềm dựa trên các token mã hóa hoặc dùng phương pháp sinh trắc học (biometrics). Tuy nhiên những phương pháp này có phần hạn chế do giá thành cao. Một số lượng lớn lỗi ứng dụng trong các hàm quản lý tài khoản và phiên truy cập có thể dẫn đến mối nguy cơ lộ tài khoản người sử dụng và thậm chí tài khoản của người quản trị.
Ứng dụng web thường phải theo dõi và duy trì phiên truy cập của người dùng nhằm phân biệt các truy cập từ người dùng khác nhau. Giao thức HTTP không cung cấp khả năng này và do đó ứng dụng web phải tự tạo cơ chế này. Thường thì, môi trường phát triển ứng dụng cung cấp cơ chế quản lý phiên truy cập (thường là dưới hình thức cookie token), tuy nhiên, đa số các nhà lập trình nghiêng về phát triển cơ chế riêng của họ. Trong cả hai trường hợp, nếu token quản lý phiên truy cập không được bảo vệ, hacker có thể ăn cắp token truy cập tài khoản của người khác.